病毒结构生物学.ppt

Prelude: molecular structures John Dalton (1810)A new system of chemistry Elements, but no structures yet Mendeljev (1869) Johannes van ’t Hoff Chimie dans l’Espace“Proposal for the development of three-dimensional chemical structural formulae” (1875) Tetraedrical(四面体) carbon atom Linus Pauling (1951) Atomic Coordinates and Structure Factors for Two Helical Configurations of Polypeptide Chains Alpha-helix James Watson Francis Crick (1953) Molecular structure of nucleic acids 课程限定与重点 生物大分子结构-蛋白质结构-病毒结构 病毒学-结构病毒学-病毒结构 基本概念：点到为止 基本方法：点到为止 重点介绍几个病毒的结构 重点介绍病毒结构研究方法中的单颗粒技术 Histidine Histidine has a pK value ~6.5 Also different forms possible Important for formation of H-bond networks Proline Restricts flexibility of the backbone “Structure-breaker”：可引起alpha螺旋弯曲，但不是所有弯曲都由脯氨酸引起的 肽平面（peptide plane） 肽平面（peptide plane）：肽链主链的肽键C-N具有双键的性质， 因而不能自由的旋转，使连接在肽键上的六个原子共处于一个平面上，此平面称为肽单位平面，又称酰胺平面； 二面角（dihedral angle）： Cα-N之间称φ(phi)角，在Cα-C之间称ψ(psi)角； 与其说氨基酸是蛋白质的基本构件（生化角度），不如说肽单元是蛋白质的基本构件（结构角度）。 Ramachandran plot Only certain combinations of values of phi (f) and psi (y) angles are observed 二硫键 在三维结构上临近的两个半胱氨酸，可形成二硫键桥（disulfide bridge） 牛胰岛素的一级结构： 51个氨基酸，A（21肽）、B（30肽）两条肽链，A链内一对S-S，A和B链间2对S-S 为了确定蛋白质的一级结构，首先必须将二硫键打开，使成为线状多肽链。 交错构象（Staggered conformation ） staggered conformation is normally a conformational energy minimum. there can be special versions of staggered conformations called gauche（扭式） and anti（反式）; see Newman projection diagram in Conformational isomerism（构象异构）. 大多数侧链只有一种或很少几种能量最优的交错构象，称为旋转异构体（rotamer） 金属配位体（Metal ligand ） 蛋白质在行使某些功能的时候需要金属离子，如电子传递反应 幸运的是：His（组氨酸H）,Cys（半胱氨酸C）,Asp（天冬氨酸D）,Glu（谷氨酸E）的侧链是最佳的金属配位体。 最常用的金属有：铁锌镁钙 例子：血红蛋白、血蓝蛋白、核糖核苷酸还原酶、锌指结构（Zinc finger） 作业：画出两种或两种以上含金属离子的蛋白结构的示意图，标示出其周围的金属配体氨基酸，并说明该蛋白行使功能的基本过程。 非共价键:氢键,离子键,范德瓦尔力 二硫键 疏水作用 a-domains Common a-domains Coiled coil Four helix bundle Globin fold Coiled coil Two helices twisted around each other residues per turn 3.6 ? 3.5 heptad repeat a-b-c-d-e-f-g hydrophobic center lined with ionic interact