基因组非编码序列的功能.doc

兴趣小组活动总结 杜立林朱冰戚益军马力耕 一 引子 基因组学课程期末考试的最后一道论述题，是“请根据自己的理解，总结基因组非编码区可能的功能”，。当时回忆起Watson主编的《Molecular Biology of the Gene》中说， 3200Mb人类基因组里，除了48Mb是基因外，还有intron、UTR、pseudogene、microsatellite、transposon以及编码miRNA的序列，便如是作答。这道题，引起了我对基因组非编码区功能的极大兴趣：为什么物种越往高等进化，基因组非编码序列的比例就越高？为什么仅仅两万八千左右个基因，就能决定人类作为万物之灵长的地位，可这个数目并不比果蝇多多少啊？什么决定了人类的智力，关键在于基因序列还是所谓的“junk DNA”？玉米的基因组比水稻大很多，但也未见得玉米就比水稻高等，那么是什么决定了基因组的大小呢？这些问题时常浮现在我脑中，正好借晓东所长提出的“兴趣小组”活动，通过跟组员的讨论、与PI的交流，希望产生一些思维碰撞的灵感。 这一系列文章，是我对“兴趣小组”活动的全面总结，一部分是流水账般的记叙小组讨论，一部分是跟PI讨论的收获，还有一些是自己mental exercise的过程，包括提出的假设、可能的实验手段和存在的瓶颈，最后。 值得一提的是，虽然我们小组人数不多，但指导老师是最多的，这给我们提供了更多与PI交流的机会。 二 组员和最初的几次讨论 我们小组的题目是“基因组非编码序列的功能”，先描述一下各位组员吧。 梅坤荣，华科生物信息专业。我觉得她最强的地方是，不论组员意见多么分歧，思路不太清晰，她都能帮我们理清头绪，首先做什么，接着做什么，并提出大家都容易接受的方案。 高冠男，山东大学，一个说话声音不大的女生，对non-coding DNAnon-coding DNA，有人希望把精力主要放在non-coding DNA的进化问题上，还有人提议把焦点集中在non-coding RNA上，也有人提议将non-coding DNA分为卫星/微卫星序列、转座子、假基因、内含子等不同特点的类别进行讨论。总之，没有统一的意见，我们决定找指导老师讨论后，再做决定。 三 与PI的讨论 杜立林老师的研究方向主要是，以裂殖酵母为实验材料研究DNA双链断裂。他向我们介绍了“The ENCODE Project”，难以置信的是，研究表明整个基因组，包括DNA的两条链，都会被转录。他还提到，河豚的全基因组测序并不是因为作为模式生物来研究，而是因为它比其他脊椎动物基因组小很多，所谓的“垃圾DNA”很少，可能成为研究如何在含较少non-coding DNA情况下，基因组是如何复制的模型。他让我们意识到，基因组不同层次的包装，似乎也存在着某种密码，例如某些位置相对固定的核小体所需的核小体定位信号。他同时提到了一个新的概念“染色体脆性位点”，实际上脆性位点会在正常条件下发生双链断裂，造成基因组的不稳定性。那么为什么经过长期的进化，这些位点没有经过选择压力被淘汰呢？杜立林老师认为，同一段序列可能需要同时执行多种功能，为了执行某些更重要的功能，这些位点必须同时具有“脆性”。 我们从马力耕老师体会了用分类的方法、进化的思想，研究问题的思路；从戚益军老师了解到，可以用研究一个基因的方法来研究microRNA的功能；从朱冰老师很多“搞笑”的故事中，想象了基因组在细胞核中可能存在的三维空间结构。 这些讨论，让我们逐渐认识到基因组提供的是多维的信息，除了已知层面的信息外，基因组还具有很多隐含的信息，鉴于高等生物基因组中90%以上由non-coding DNA组成，或许这些隐含信息正是蕴含在貌似“垃圾”的non-coding DNA中的。 四 我们的一些设想 首先，我们把基因组的信息分为了三个层次：隐含信息、序列水平的信息、调控水平的信息。隐含信息包括核小体定位信号等蕴含着决定基因组高级结构的信息中，我们几乎可以肯定这种信息的存在，但我们对这些信息的表现形式不太明了，这主要受实验条件的限制。序列水平的信息，包括例如染色体脆性位点等具有序列和位置特异性的位点。调控水平的信息主要包括各种non-coding RNA的调控作用。 我们有两个很初步的设想： （一）核小体定位信号作为选择压力的基因组大小决定： 基因组就像是一个巨大的图书馆，大约每200bp一个核小体，因此核小体就像是一种标签。部分核小体的位置是相对固定的，这些核小体定位信号就存在与基因组中。为了解释同一进化水平生物基因组大小的差异，例如为什么玉米比水稻基因组大很多，我们选择核小体定位信号作为一种选择压力，当基因组序列不足以提供所有需要定位的核小体信号时，基因组功能便不能得到有效执行，具有进化上的劣势，将在进化过程中被淘汰。在这种时候，有两种选择，