化合物结构数据库.PDF

3.2.2. 化合物结构数据库 服务介绍： 本数据库包括化合物的二维和三维结构、SRN(化合物唯一编号) 、化合物的物化性质。用户通过全结构检索， 子结构检索以及模糊结构检索可查出目标化合物的物化性质、二维和三维结构。 由于结构输入和显示均需要java applet 插件，因此用户的浏览器请勿禁用java 程序。 名词与概念： （全）结构检索 检索与用户输入的提问结构完全一致的目标化合物。 子结构检索 子结构检索是指检索某一类相同结构片段化合物，检索得到的这类化合物都拥有某些结构 上的共同特征，我们将这些共同特征结构片断称为“子结构”。 模糊结构检索 将用户输入的提问结构作为一个结构片断，设置目标化合物的其他结构特征，包括结点 属性、键属性和环系统属性、分子式结构、立体中心属性、重复单元数等。检索分子骨架包含用户输入的提问 结构，并且符合其他结构特征的目标化合物。 特征结构检索 用户设置目标化合物的结构特征，包括结点属性、键属性和环系统属性、元素组成式、 立体中心属性、重复单元数等各项指标的数值，检索符合此类结构特征的目标化合物。 SRN 通过化学结构比较和登录确认的化合物唯一编号，使用中科院上海有机化学研究所开发的化合物 登录系统进行登录处理。编号为数字格式，从 1 开始自动编号。 结点属性 把一个化合物分子当成一个二维的拓扑图来看待，忽略普通的氢原子，其他的原子就是分子 图的结点。结点属性包括了非氢原子的总数，还包括了每个结点的连接度等属性，以及是否有氘和氚等氢同位 素。结点的连接度就是跟一个结点原子直接连接的其他结点的数目。例如乙烷的 2 个碳原子的结点连接度都是 1，而环己烷的结点连接度都是2 。 键属性 键属性是指化合物中化学键的类型，包括单键、双键、三键、交替键和互变键等。考虑到原子 的电荷（正电荷或负电荷）均会影响原子的成键数目，因此将电荷列在键属性项下。 环系统属性 包括分子图中环的个数、每个环系统的环结点计数、每个环系统的 SSSR （最小环集的最小 集）和每个环系统的小环数等。 重复单元 聚合物的重复单元（repeating unit ）。 化合物检索 所谓化合物检索，就是通过化合物英文名称、CAS 号、SRN 号和分子式等化合物的关键字在数据库中查询 到匹配的化合物。 检索示例 例1， 输入化合物名称“ethanol ”精确检索，见图，即可得到化合物名称为”ethanol”的目标化 合物记录 1 条，见图 。 图 化合物名称的精确检索（例 1） 图 化合物名称的精确检索结果（例 2 ） 例2 ， 输入化合物名称“ethanol ”进行模糊检索，见图，即可得到名称中包含”ethanol” 的目标 24 化合物记录 100 条，见图 。注意：本系统约定，当检索命中的目标化合物记录超过 100 条的时候，只取前面 100 条记录显示。 图 化合物名称的模糊检索（例 2 ） 图 化合物名称的模糊检索结果（例 2 ） 例3， 输入 CAS 号“64-17-5 ”，或者“64175 ”，进行检索，见图 ，提交检索即可得到 CAS 号 为“64175 ”的化合物纪录 1 条，见图 。注意：本系统会对用户输入检索的 CAS 号进行 正确性验证，如 CAS 号包括其他字符，将会报告“CAS 号错误，请返回”的提示。 图 化合物的 CAS 号检索（例 3 ） 图 化合物的 CAS 号检索结果（例 3 ） 25 例4 ， 输入 SRN 号码“102557”，检索 SRN 号码为 102557 的目标化合物，见图 和图 。 SRN 号码和 CAS 号不存在模糊检索问题，系统缺省为精确检索。 图 化