转座因子教程文件.pptVIP

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  • 2018-04-09 发布于天津
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转座因子教程文件.ppt

转座子(transposon,Tn)是存在于染色体DNA上可自主复制和移动的基本单位。 1.插入序列(insertional sequence,IS) 2.类插入序列(IS-like elements) 3.复合式转座子(composite transposon) 4.Tn A家族 5.转座噬菌体 1. 最简单的转座子,不含有任何宿主基因。 2. 是很小的DNA片段(约1kb),两端具有倒置重复序列(inverted repeats,IR),中间是一个转座有关的转座酶(transposase)的编码基因。 转座酶识别末端重复序列,并可交错5bp切割靶DNA,使转座子插入。 3.是细菌染色体或质粒DNA的正常组成部分。 IR IR Transposase Gene 具体过程: 首先转座酶交错切开宿主靶位点,然后IS插入,与宿主的单链末端相连接,余下的缺口由DNA聚合酶和连接酶加以填补,最终插入的IS两端形成了DR或靶重复。 结构和IS相似,但不独立存在。 而是作为复合转座子两臂的组件。 如IS 10R,IR50R和IS 903 复合转座子要比IS长得多 中心区域编码抗药性基因(或其他宿主基因),不同的复合转座子的抗性标记不同。 复合转座子两端的组件由IS或类IS组成。二侧组件有的相同,有的不同;有的方向相同,有的方向相反;有的皆有功能,有的仅右侧组件有功能 在转座时不仅可以使Tn10转座,也可以使复制子序列转座,但两侧翼组件的序列与在Tn10中的方向相反 长约5kb左右 通常两端有38bp左右的IR,而不是IS,在两个IR中任一个缺失都会阻止转座 中部的编码区不仅编码抗性标记,还编码转座酶和解离酶。 靶位点具有5bp的正向重复序列。 复制型转座的转座子 tnpA,、tnpR分别编码的转座酶(transposase)和解离酶(resolvase)来完成。 解离序列(res)是内部的特殊位点,只有TnA家族才具有这一位点。 转座噬菌体是一种溶菌周期和溶源性交替方式的噬菌体 Mu噬菌体 ① 线形双链DNA分子,既有温和噬菌体的特性,又有转座子的特性。其DNA几乎可以插入到宿主染色体的任何一个位点,可以诱导大肠杆菌突变。 噬菌体DNA的多个拷贝转座到染色体DNA的许多位点上,最终由这些染色体上的转座单位进行噬菌体包装。 切割-粘贴机制(cut-and-paste mechanism) 首先交错切开靶DNA,转座子插入到DNA上新的位点,转座子连接到靶的凸出单链上,最后填补空缺完成转座。 转座时的插入作用有一个普遍特征:受体分子中有一段很短的(3~12bp)、被称为靶序列的DNA会被复制,使插入的转座子位于两个重复的靶序列之间,从而形成了一段正向重复序列。不同转座子的靶序列长度不同,但特定转座子所复制的靶序列长度是一样的。 IS序列的转座机制 复制宿主靶细胞一小段(4~15bp)DNA,在IS序列两端形成正向重复区 转座起始的时候形成“a strand transfer complex ”在这个复合物中,转座子通过两侧各一条单链与位点连接。 剪切转座子末端和靶位点并将被切的末端连接到靶位点形成转移复合体,以此起始转座 复制型转座(replicative transposition) 非复制型转座(nonreplicative transposition) 保守型转座(conservative tranposition) 整个转座子被复制,所移动的仅仅是原转座子的拷贝。 转座酶和解离酶分别作用于原始及复制转座子。 TnA类主要是这种形式。 转座过程中有一共合体。 复制型转座 它是由两个复制子融合而成,其中一个含有转座子。共合体含有2个拷贝的转座子,位于两个复制子的连接处,方向相同,像是正向重复。这种交换是由转座酶催化的。共合体的形成需宿主的复制功能。 在两个拷贝转座子之间的同源重组释放两个单独的复制子,每个复制子都有一个拷贝的转座子。其中一个复制子是原来的供体复制子,另一个是靶复制子,它通过一个短的DR宿主靶序列而获得一个转座子。此重组反应称为解离,负责解离的酶叫解离酶。   共合体(cointegrate): 原始转座子作为一个可移动的实体直接被移位; IS序列、Mu及Tn5等都以这种方式进行转座。 非复制型转座 此和λ噬菌体的整合机制十分相似。而且这种因子的转座酶和λ整合酶家族相关。 采用这种机制的转座因子是较大的,不仅它本身可以转座,且可介导供体DNA从一些细菌转移到另一些细菌中。

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