matKrbcL单子叶国际广泛合作博士后研究生本科生测序-DarwinTree.pptVIP

背 景 被子植物最老的化石可以追溯到白垩纪早期 (130-136 mya)，达尔文认为被子植物的起源和早期分化是“可恶的奥秘” 。尽管，在过去的几十年中，化石、系统发育学、遗传学等的发展对不断地了解和认识被子植物的起源和分化。大量的研究结果高度支持Amborellaceae、Nymphaeales和Austrobaileyales和其他被子植物依次姐妹关系。然而，代表了被子植物进化的“大爆炸”的主要被子植的系统发育关系存在疑难问题。 目 标 打造一个约15,000个属的有花植物综合系统树（生命之树——属级水平）。 利用叶绿体基因组解决更多深层次系统发育关系（科级水平），为被子植物系统发育树的顶端（种水平）研究打下基础。 叶绿体基因组、基础设施（数据库、软硬件平台）、 公共拓展服务。 基 因 叶绿体基因组 研究基础、测序技术（成本效益）、单子叶的工作衔接； matK, rbcL, rps3, ccsA, rpoC2, rps2, cemA, rboB, rpoC1, rps4； matK (~ 950bp，编码区域), rbcL广泛； rps3 (~670bp), ccsA (~960bp) 较少，效用很大，信息量堪比matK；低等级类群分别率高；易扩增; Barcoding。 取 样 覆盖80%被子植物，约12,000个属。被子植物各属从单种属到多大1000种的大属不等。多于300种的大属不常见。 测 序 依靠团队中的专科、专属的专家来获得所需类群的取样(包括材料，DNA)； 材料将会送往合作的实验室来提取DNA，并检测和PCR扩增。PCR产物将通过承包合同将送到华盛顿大学基因组测序部门纯化和测序。 合作者也可以在自己的实验室完成PCR扩增，我们出资外送测序。 意 义 首次基于大尺度和属级水平的类群取样来进行系统发育分析，而且将获得在统计水平上令人关注的结果。 揭示系统发育多样性的全球格局；确定生态大变革时间和地点。 利用这个大型的系统发育树，探讨领域延伸到大陆性和区域性植物区系汇集、以及系统发育关系相关的物种组成的生物区系和生物地理运动、绝灭和保育的意义。 全球生物多样性热点区的保育工作：依赖物种种类统计为度量——系统发育关系为度量——综合的生物多样性评估。 系统发育树还支持生物圈的协同进化、 生态系统功能、全球变化研究。 5. 汇集的形态矩阵和其他的方面数据库。 广泛合作 生物信息 生命之树信息网络平台 ToLKIN： Tree of Life Knowledge Information Network: 汇集实验室数据分析、整合、管理、增值，与匹配的数据储存库连接，向公众开放。 TOLKIN 与BioCorder 功能整合； 结合人工调节使数据自动化，并促进数据管理、可操作、再利用及延伸服务； 开发支持形态性状赋值的Web 2.0的应用程序。 成本效益 培养服务 培养 博士后、访问科学家、 研究生、 大学生、实验师以及其他各个领域层次的人群。 拓展科普—— 生命百科全书 与博物馆等公益科普机构合作，各个年龄阶段的爱好者开发关于被子植物系统发育知识的展览资源。与Peabody博物馆举办了以“伟大生命之树的旅程”为主题的展览，展示了生命之树，性状演化的互动游戏和物种聚合与分化的精粹。 影片、摄影、录像和动画等作为教材资料，与项目网站整合，教师和学生们也可以从网站下载 资源。 “陆地被子植物”花园、教学植物园。 小结 Thank you Thank You * Jatropha pandurifolia Euphorbiaceae 世界被子植物所有属的生命之树 孙 苗 2010年5月15日 中国科学院植物研究所 Oxalis corymbosa Oxalidaceae 项目 目标 背景 广泛合作 生物信息 成本效益 培养服务 基因 取样 测序 意义 项目概要 项目要素 Strophioblachia fimbricalyx Euphorbiaceae Maytenus confertiflorus Celastraceae Oxalis corymbosa Oxalidaceae 1 1-25 ≥7 6 5 4 3 2 取样代表 25-100 1000 751-1000 501-750 251-500 101-250 属范围 Strophioblachia fimbricalyx Euphorbiaceae Oxa