化学信息学计算机化学的研究进展化学信息.doc

2008-2009化学信息学(计算机化学)的研究进展（1）——化学信息学在社会与经济可持续发展中的地位与重要性随着化学信息的大量积累及计算机与网络技术的飞速发展，“化学信息学”已成为化学学科的重要分支之一。近年来，虚拟筛选(VHTS)和定量构效关系(QSAR)等化学信息学技术的引入在结构化学材料科学领域中复杂体系分析、产品质量评价与控制、环境检测与控制、生命与健康 2008-2009化学信息学(计算机化学)的研究进展（2）——近两年化学信息学的研究进展GLOB)等一系列新方法被应用于计算溶液中的光谱[2]。理论化学计算与实验相结合用于合成化学和材料设计[3,4]也得到了很好的效果。基于分子力学的分子模拟技术得到发展，并在物理化学性质的预测方面发挥了重要作用。分子动力学是分子模拟的重要手段，分子动力学新方法的引入加快了计算速度[5,6]，经典的全原子动力学模拟与粗化晶粒模拟的共同发展使模拟的对象扩展到微米尺度以及毫秒时间级别，从而使模拟成为预测体系性质及解释实验现象的有效工具[7]。新的优化算法不断涌现，粒子群优化算法用于团簇的结构优化[8]，无偏优化算法实现大尺寸团簇的结构优化[9]，合金团簇的结构优化方法得到了进一步的完善[10]。 复杂体系信号解析一直是化学计量学的主要研究内容之一，近年来信号解析的复杂程度不断提高，在指纹图谱研究的基础上已经逐渐向“组学(omics)”方向发展[11]，同时，信号解析已成为反应机理等研究的有效手段[12,13]。另一方面，独立成分分析以及免疫算法的改进与发展，不仅发展了新的方法，而且使复杂体系的高通量分析成为可能[14]。高维数据的解析方法研究继续得到了高度重视，从一维到三维数据的发展使数据分析具有明显优势[15]，同时四维数据的解析方法也得到了发展[16]。高维数据的解析方法在复杂体系分析中的应用明显增多，在组学数据分析、环境样品分析等实际复杂体系分析中的作用逐步得到体现。化学计量学还促进了光谱分析技术的发展[17]，使生理样本中葡萄糖浓度及无创血糖检测[21]。用户接口[]在近两年得到了快速发展。 2008-2009化学信息学(计算机化学)的研究进展（3）——我国化学信息学研究的地位与近期研究进展近年来，我国的化学信息学研究得到了快速发展，在某些专题的研究方面达到了国际前沿水平。虚拟筛选(VHTS)和定量构效关系(QSAR)等化学信息学上海药物研究所蒋华良研究员等开发了基于活性化合物三维结构寻找潜在结合靶标的反向分子对接方法和基于互联网的应用平台，目前已有50多个国家和地区600多个用户注册使用，国内外用户用该方法发现的10余个候选靶标被实验证实。中国科学院上海药物研究所药物发现与设计中心(DDDC)发展了一系列药物设计方法和技术，与大连理工大学、北京大学、军科院毒物药物研究所合作，发展了一种基于信息熵的多种群遗传算法的分子对接程序GAsDock，运用药物设计方法及化学信息技术对30余种蛋白质靶标进行药物设计，结合化学合成和生物测试，获得活性化合物1000余个，有些化合物已经进入临床前研究和技术转让。在中药质量控制方面，对中药色谱指纹图谱进行了系统研究, 对气相色谱质谱联用仪(GC-MS)所产生的数据的定性定量分析取得了很好的结果为探明中药化学物质基础和从分子水平上进一步阐明中药活性作用机理打下了基础。该发展了多种化学计量学新方法，如交替移动窗口因子分析(AMWFA), 藉此法可方便地对不同样本的共有化合物进行比较分析, 并在此基础上半自动获得相应的共有化合物纯质谱(或紫外谱)。代谢组学该组。该组通过化学计量学的多变量判别方法模式识别方法建立了基于血浆代谢谱的判别模型明显改善。化学信息的组织、管理与应用是化学信息学的核心研究内容之一。 2008-2009化学信息学(计算机化学)的研究进展（4）——化学信息学的研究热点与展望化学信息学各种化学信息库，总结出规律，最大限度地挖掘、开发和应用，作为实验归纳和理论演绎的桥梁，推动化学和化工学科的发展，为国民经济服务。随着化学信息的不断积累，化学信息学在化学及相关学科中必将发挥越来越重要的作用。药物开发、材料设计、复杂体系分析、海量数据挖掘与知识发现、实际化学体系的理论计算以及有关化学信息学新理论和新算法的研究仍然是本学科关注的重点和热点问题。数据挖掘和知识发现是化学信息学的核心内容对于海量的生命科学及医药研究数据，如何从中挖掘出最有用的信息，是对的巨大挑战QSAR等分子模拟方法在化学、生物领域的应用，也有待更深入广泛的工作。解释实验现象，指导实验的发展仍然是重要的研究课题。更高效、快速的优化算法仍是关注的焦点，针对特定的化学问题进行优化算法研究可能是一个重要的突破口。算法研究是化学的基本任务化学结构实际复杂体系将有助于发现新的规律和创造新的知