生物信息学 第三章篇 生物信息数据库及其信息检索.pptVIP

北京华大基因研究中心(中科院基因组研究所) 杨焕明 / 国家人类基因组南方研究中心(上海) 陈竺、赵国屏 / 国家人类基因组北方研究中心(北京) 强伯勤 / 清华大学生物系生物信息研究室 孙之荣 / 北京大学生物信息学中心 罗静初 /chinese/ 复旦大学理论生物中心 钟扬 / 我国的一些主要研究中心和数据库 生物信息学数据库的检索 检索方法概述 检索实践和案例 生物信息学数据库的检索 主要检索系统和工具 Entrez(National Center for Biotechnology Information, NCBI） SRS(European Bioinformatics Institute, EBI） ExPasy Expert Protein Analysis System (Swiss Institute of Bioinformatics, SIB) 日本、欧洲、美国其他研究机构的工具平台…… 复杂检索 1、限制字段类别 常用的有: Author: Bao YM[au] Title: stress[ti] Tilte/Abstract： stress[title/abstract] Date: 1999:2009[dp] 2、布尔逻辑运算： AND、OR、NOT必须大写。 逻辑符的运算次序是从左至右，括号内的检索式可作为一个单元，优先运行。 布尔逻辑检索允许在检索词后面附加字段标识 例如：rice[ti] AND Bao YM[au] AND 2008:2009[dp] 同样存在限制字段: 常用的有: Author: Bao YM[au] title: SNARE[ti] organism: rice[organism] 或者直接输入: Accession: AY077725[Accession] Gene Name: ZFP15[Gene Name] Protein Name: ZFP15[Protein Name] 如: Bao YM[au] AND SNARE[ti] AND rice[organism] 如果没有限定，就是任意字段。 如何获取GenBank中的序列? Entrez(National Center for Biotechnology Information, NCBI） 选择数据库 当没有进入号时输入关键词（英文和拉丁文） 当有进入号时输入进入号 可编译 NCBI主页最下面的区域，是NCBI的快捷连接区域 举例： GAPDH或g3pdh是甘油醛-3-磷酸脱氢酶（ glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase ）的英文缩写。该酶是糖酵解反应中的一个酶。该酶基因为管家（house keeping）基因，几乎在所有组织中都高水平表达，在同种细胞或者组织中的蛋白质表达量一般是恒定的，且不受含有的部分识别位点、佛波脂等的诱导物质 的影响而保持恒定，故被广泛用作抽提total RNA，poly(A)+ RNA，Western blot等实验操作的标准化的内参。 GAPDH一般是由4个相同亚基组成的四聚体，每个亚基均含有催化结构域和辅酶结合域。GAPDH与辅酶烟酰胺腺嘌呤二核苷酸（?NAD+）组成全酶才具有催化活性。 基因序列搜索 STS序列标签位点（sequence-tagged site），是已知核苷酸序列的DNA片段，是基因组中任何单拷贝的短DNA序列，长度在100～500bp之间。任何DNA序列，只要知道它在基因组中的位置，都能被用作STS标签。作为基因组中的单拷贝序列，是新一代的遗传标记系统，其数目多，覆盖密度较大，达到平均每1kb一个STS或更密集。 这种序列在染色体上只出现一次，其位置和碱基顺序都是已知的。在PCR反应中可以检测出STS来，STS适宜于作为人类基因组的一种地标，据此可以判定DNA的方向和特定序列的相对位置。 不能用任何其它的特征关键词表述的具有生物学意义的区域;新的或少见的特征 蛋白序列搜索 第三章生物信息数据库及其信息检索 生物科学与技术学院 本章主要内容 生物信息学数据库类型 序列数据库 结构数据库 功能数据库 其它专业数据库 生物信息学数据库的检索 检索方法概述 检索实践和案例 生物信息学数据库的地位和作用 经典生物医学实验 大量零碎数据 数据收集整理 大规模组学实验 海量组学数据 数据存储、注释 数 据 库 生物医学应用 理论分析 检索查询 生物学研究 生物信息学数据库类型 核酸研究（Nucleic Acids Research）杂志的每年第一期为生物信息学数据库专刊，收录最主要的生物学相关数据库，归类并展