分子模拟【Molecular Simulation】相关技术在高分子科学中的应用.ppt

步骤： ① 在一个新的3D文档中，从Build菜单选择Crystal下的Build Crystal 会打开相关的晶体建模对话框。在Space Group栏中，选择Enter Group，输入P3221，并且按下Tab键进行确定。 ② 在Lattice Parameters栏中，在相应的地方可以输入Alpha石英的a和c晶胞参数为a=4.910 c=5.402 ③ 按下Build按钮，一个空的晶胞就会出现在文档中。 2、加入硅原子和氧原子 步骤： ① 从Build菜单中选择Add Atom。 ② 进入Atoms栏中，从Element下拉菜单中选择Si，并输入相应的a, b, c 数据，a=0.480781, b=0.480781, c=0.0。Si原子和其对称原子加入到晶胞内。 ③ 同样的，可以加入氧原子。氧原子的参数为a=0.150179,b=0.414589, c=0.116499氧原子和其对称原子加入到晶胞内，程序会自动计算并加入相关的键。 第三节 材料科学模拟计算软件 Materials Studio的使用 一、简介 是Accelrys专为材料科学领域开发的可运行于PC机上的新一代材料计算软件，最新版本为Materials Studio 5.5（2011年推出）版 多种先进算法的综合应用使Materials Studio成为一个强有力的模拟工具。无论构型优化、性质预测和X射线衍射分析，以及复杂的动力学模拟和量子力学计算，我们都可以通过一些简单易学的操作来得到切实可靠的数据 模拟的内容包括催化剂、聚合物、固体及表面、晶体与衍射、化学反应等材料和化学研究领域的主要课题 Materials Studio是一个模块化的环境，每种模块提供不同的结构确定、性质预测或模拟方法 Materials Studio的特点： 模型三维可视化，有很多显示样式、参数和测量工具 草画和编辑分子模型，包括金属有机化合物 构造晶体 构造高聚物 构造表面、层、真空板状结构 分子和周期系统的对称性寻找及编辑工具 图形、图表和电子表格形式显示数据 使用Materials Studio工程进行数据处理 高质量打印输出 管理监视服务器计算工作的工具 Materials Visualizer包括以下特点： 二、Materials Studio入门 Modules菜单 Amorphous Cell：可以建立复杂无定型系统中的代表性模型并预测它们的性质 CASTEP：可以进行第一原理量子力学计算，研究如半导体、陶瓷、金属、矿物和浮石等晶体或表面的性质 Dmol3: 可以进行基于密度泛函理论的量子力学计算，分析分子和周期系统 DPD：可以进行大尺度长时间的介观动力学模拟 Discover：可以优化分子结构，计算电子经典轨道，分析很大范围内的结构和轨道的性质 Equilibria：可以确定烷烃和其它小分子结构的相图 Forcite：可以研究很大范围内的系统。它最主要的近似是原子核运动所处的势场用经典力场代替 MesoDyn：可以研究复杂流体动力学和在大尺度长时间中的平衡状态 Reflex：可以查看、模拟、索引和精修粉末衍射的数据，求解晶体结构 VAMP：可以使用半经验量子力学算法模拟气体和溶液中的反应和性质 2. Explorers（管理器） Project Explorer Properties Explorer Job Explorer Materials Studio包括以下管理器 Materials Studio运行组织逻辑上有关的文档成一个集合，称之为工程。 可以使用Project Explorer查看属于一个工程的文档。 Project Explorer Properties Explorer显示在三维文档或图形文档中选定的对象的属性。对象包括 图形标记、原子、键、分子等。当选择多个对象时，显示它们的共同属性。 Properties Explorer 任务管理器提供轻松管理工程任务功能。你可以使用任务管理器查看操作 属于此工程的任务 Job Explorer 3. 工具条 三维视图工具条 标准工具条 模块工具条 草画工具条 Materials Studio可以使用几种类型的文档——三维原子和分子模型、文本、图形和表格文档。 4. 文档类型 三、绘制简单分子 1. 绘制苯酚 步 骤： ① 选择绘制环工具，并在文档中绘制一个6元环，同时按下Alt键，绘制带虚线的六元环， ② 在Sketch工具栏上单击Sketch Atom按钮，在任意碳原子上单击并拖曳生成氧原子 ③ 在Sketch工具栏上单击Auto Hydrogen按钮自动为分子加入合