高性能生物计算简介.pdfVIP

高性能计算 简介 1980‘计算机食物链 1980‘计算机食物链 Mainframe PC Workstation Mini Computer Vector Supercomputer 1990‘ 计算机食物链 1990‘ 计算机食物链 (hitting wall soon) Mini Computer PC Workstation Mainframe (future is bleak) Vector Supercomputer MPP 现在和未来的食物链 现在和未来的食物链 Moore 定律还能延续多久？ 现代计算机的共同特点：并行性 现代计算机的共同特点：并行性 什么是并行计算? 什么是并行计算? 并行计算: 由运行在多个部件上的小任务合作来求解一个 规模很大的计算问题的一种方法 例: 在曙光2000上用8个节点计算的Mandelbrot集结果 (Mandelbrot为分形理论创始人) 2 z z c + i i+1 并行计算--高性能计算 并行计算--高性能计算 并行计算(Parallel Computing） 高端计算(High-end Parallel Computing) 高性能计算(High Performance Computing) 超级计算(Super Computing) 任何高性能计算和超级计算都离不开使用并行技术 计算科学与传统的两种科学，即理论科学和实验科学，并立 被认为是人类认识自然的三大支柱，他们彼此相辅相成地推 动科学发展与社会进步。在许多情况下，或者是理论模型复 杂甚至理论尚未建立，或者实验费用昂贵甚至无法进行时， 计算就成了求解问题的唯一或主要的手段。 为什么要做并行计算？ 为什么要做并行计算？ －－应用需求 －－应用需求 为什么要做并行计算？ 为什么要做并行计算？ 人类对计算及性能的要求是无止境的 从系统的角度：集成系统资源，以满足不 断增长的对性能和功能的要求 从应用的角度：适当分解应用，以实现更 大规模或更细致的计算 为什么要做并行计算？ 为什么要做并行计算？ 问题: 科学和工程问题的数值模拟与仿真 计算密集 数据密集 网络密集 三种混合 要求:在合理的时限内完成计算任务 秒级 制造业 分钟级