蛋白组学概论讲解材料.pptVIP

第四章 蛋白组学概况;1.蛋白质组学的概念及发展史;蛋白质组(proteome)是澳大利亚学者Williams和Wilkins于1994年首先提出，源于蛋白质(protein)与基因组(genome)两个词的杂合，即”一个细胞或一个组织基因组所表达的全部蛋白质。 蛋白质组对应于基因组的所有蛋白质构成的整体，不是局限于一个或几个蛋白质。 在不同细胞、不同组织中，同一基因组的表达情况各不相同 。 蛋白质组在空间和时间上是动态变化着的整体。 ;蛋白质组的概念与基因组的概念有许多差别，它随着组织、甚至环境状态的不同而改变。 在转录时，一个基因可以多种mRNA形式剪接，并且同一蛋白可能以许多形式进行翻译后修饰。 故一个蛋白组不是一个基因组的直接产物，蛋白质组中蛋白质的数目有时可以超过基因组的数目。 ;蛋白质组学 (proteomics) ;蛋白质组学研究内容;各国政府支持，国际著名研究和商业机构加盟： 1996年澳大利亚建立了世界上第一个蛋白质组学研究中心(Australia Proteome Analysis Facility, APAF) ;美国国立癌症研究院 (NCI) 投资1000万美元建立肺、直肠、乳腺、卵巢肿瘤的蛋白质组数据库。 NCI和FDA共同投资数百万美元建立癌症不同阶段的蛋白质组数据库。 英国建立三个蛋白质组研究中心对已完成或即将完成全基因组测序的生物体进行蛋白质组研究。 ; 1997年召开了第一次国际“蛋白质组学”会议 1998年在美国旧金山召开了第二届国际蛋白质组学会议 1999年1月在英国伦敦举行了应用蛋白质组会议 ; 我国也于1998年启动了蛋白质组学研究，在中科院上海生物化学研究所举办了两次全国性的蛋白质组学研讨会 。 2001年，中科院贺福初院士作为首席科学家，在全国范围内组织起一支研究队伍，提出了“人类重大疾病的蛋白质组学研究”973建议书并通过评审，并确立了9个相关课题组。 2003成立了中国人类蛋白质组组织(CHHUPO)，并分别于2003年9月、2004年8月以及2005年8月召开了中国蛋白质组学首届、第二届及第三届学术大会，2004年10月在中国北京召开了第三届国际蛋白质组学会议。 科技部已将疾病蛋白质组研究列入我国“973”计划项目和“863”计划项目; 国家自然科学基金委员会也将“蛋白质组研究”列为重点项目。 我国已在鼻咽癌、白血病、肝癌和肺癌蛋白质组研究方面取得了较大的进展。 ;2003年12月15日，国际人类蛋白质组计划(HPP)正式启动 。首先开始执行人类血浆蛋白质组计划(HPPP)和人类肝脏蛋白质组计划(HLPP)两大先导项目。其中人类肝脏蛋白质组计划总部设在北京，由中国担当领导国，由中国科学家领衔组织。 两谱三图三库 ：“两谱”即人类肝脏蛋白质组的表达谱和修饰谱，“三图”是指人类肝脏蛋白质组的定位图、连锁图和结构图，“三库”即为人类肝脏蛋白质组的样本库、抗体库和数据库。 2009年北京蛋白质组研究中心在顶级刊物《分子与细胞蛋白质组学》同期刊发三篇论文 。 ;; 蛋白质组研究较基因组学研究更为复杂和困难： 蛋白质数目大大超过基因的数目。 蛋白质随时间和空间而变化。 ;发展高通量、高灵敏度、高准确性的研究技术平台是现在乃至相当一段时间内蛋白质组学研究中的主要任务。 ;2.1 蛋白质组表达模式的 研究方法;蛋白质组表达模式（expression profile）;（一）蛋白质组研究中的样品制备 ;样品预分级的主要方法;组织水平上的蛋白质组样品制备;（二）蛋白质组研究中的样品分离;2-DE 原 理 ;特 点;第一向IEF电泳;固相pH梯度等电聚焦的优点;第二向SDS电泳;2-DE技术的缺点 ;新型非凝胶技术 ;液相色谱-质谱联用技术 (liquid chromatography/mass spectrometry, LC/MS);多维液相色谱技术 （LC/LC-MS/MS） ;（三）蛋白质组研究中的样品分析鉴定;新型蛋白质鉴定技术 —— 质谱（MS）法 ;电喷雾电离质谱 (Electrospray ionization mass spectrometry，ESI-MS);“软电离”的特点;基质辅助激光解吸/电离飞行时间质谱;鉴定蛋白质的方法 ;肽质谱指纹图在数据库中匹配不成功的可能原因;串联质谱技术(MS/MS) 是指多个质量分析器相连，分离母离子，进行碰撞解离，并检测子离子。 即选择一定质量的离子通过一级质谱(MS1)，使其进入碰撞室，与室内充有的碰撞气体(常用气体为He、Ar、Xe、CH4等)进行碰撞诱导裂解(collision-induced dissociation, CID)，