基因组学 课件 5.基因组序列诠释 .ppt

一. 利用计算机分析基因功能 二. 实验分析确定基因功能 三. 其他的基因功能研究方法 四. 主要技术及原理方法 5.2 基因功能的测定 * 一.利用计算机分析基因功能 1.同源性确定基因功能 2.同源性分析在酵母基因组计划中的应用 5.2 基因功能的测定 * 1.同源性确定基因功能 同源基因都拥有一个共同的祖先基因，它们之间有许多相似的序列。同源基因可以分为2类： ??种间同源基因或直系基因（orthologous gene）：指不同物种之间的同源基因，它们来自物种分化以前的共同祖先 ???种内同源基因或平行基因（paralogous gene） 同一物种内的同源基因，它们常常是多基因家族的不同成员，其共同祖先可能存在于物种形成以后，也可能存在于物种形成之前 * 同源基因一般不会有完全一致的核苷酸序列，因为不同的基因或不同的生物都会独立地发生随机突变，但它们有相似的序列，大部分未突变的核苷酸位置是相同的 当一个新基因的序列被确认后，根据同源性可以从数据库中查找已知序列的同源基因。根据进化的相关性，可以根据已知的同源基因推测新基因的功能 同源性分析可以给出整个基因或其中某一区段功能的有关信息 * 2.同源性分析在酵母基因组计划中的应用 酵母基因组大约含有6000个基因， 30％是通过传统遗传学分析得到的， 另外70％是用同源性分析获得 * 二. 实验分析确定基因功能 1. 基因失活在基因功能分析的作用 2. 基因的超表达用于功能检测 5.2 基因功能的测定 * 基因的功能是一个过程，是从基因到表型的一系列生理生化反应过程。现在的基因功能研究与传统的遗传分析正好相反，传统的遗传分析是从表型出发最终到达基因（正向遗传学），而在基因组计划中研究基因功能则是从基因出发，最终到达表型（反向遗传学）。因此必须寻找一系列的实验方法来鉴别与目标基因相关的表型 基因失活是基因功能分析的主要手段 1.基因失活在基因功能分析的作用 * 基因失活 基因剔除（knock-out） 反义RNA技术 转座子插入突变 * 5.2 基因功能的测定 基因剔除（knock-out）???最简单的基因失活方法，将一段无关的DNA片段用来取代目标基因。 主要原理：用一段无关的核苷酸序列取代目标基因的中间序列，并将其导入生物体内或目的细胞内，如果该基因所控制的表型变化了，就从反面验证了目标基因的功能。 * 反义RNA技术??? 反义RNA由基因的负链（模板链的互补链）编码，可以与由功能基因转录而成的正义RNA形成双链结构，干扰mRNA的翻译，从而干扰基因的表达 ??? 将基因的编码序列反向插入表达载体，转化目标生物，获得转基因个体或品系后，进一步分析表达的反义RNA在生理生化或形态发生中所起的作用，由此判别目标基因的功能 转座子插入突变??? 将转座子随机插入功能基因内，使其失活，也可以用于基因功能研究。 * 2. 基因的超表达用于功能检测 在正常情况下，基因产物的数量是有限制的，必须与其它基因的产物平衡，某一基因产物的过量和不足都会破坏这种平衡，造成生长和发育的异常 ??? 有两种技术可以使细胞中某一基因过量表达： 增加基因的拷贝数； 采用强启动子 * 5.2 基因功能的测定 许多蛋白质必须与其他蛋白质互作，才能表现其功能，当鉴定了这类蛋白质的某些成员，则可采用某些方法分离与之互作的其他蛋白质 噬菌体展示 （phage display） 酵母双杂交（yeast two-hybridization） 三. 其他的基因功能研究方法 * 5.2 基因功能的测定 噬菌体展示 检测的基因与噬菌体外壳蛋白基因融合，表达后可产生融合外壳蛋白，当噬菌体遇到可与融合外壳蛋白互作的蛋白质时会发生聚合 * 5.2 基因功能的测定 酵母菌双杂交系统 真核生物中，转录因子与基因上游的特定DNA序列结合，然后激活RNA聚合酶，起始RNA的合成。 转录因子有2个重要的功能区域，一个与启动子区域的DNA序列结合，另一个与RNA聚合酶的激活有关。有些转录因子中的这2个片段即使分割开来，仍然可以在同一个细胞内相互作用，装配成一个完整的、有功能的转录因子。?? * 酵母菌双杂交系统中，将编码这2个功能域的DNA分别构建在2个独立的表达载体上。 在一个表达载体中，DNA结合功能域的基因片段与待测蛋白质的基因连接成融合基因。 在另一个载体中，RNA聚合酶激活功能域的基因片段与未知的DNA序列连接成融合蛋白基因。 将这2个表达载体同时转化一个细胞，并在细胞内表达，如果DNA结合