外力对环肽纳米管水传输特性的影响及其微观机制-物理化学专业论文.docxVIP

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2018-05-05 发布于上海
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外力对环肽纳米管水传输特性的影响及其微观机制-物理化学专业论文.docx

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外力对环肽纳米管水传输特性的影响及其微观机制-物理化学专业论文

MD SimulationsoftheInfluences ofanExternalForce ontheWaterTransportationBehaviorthrougha TransmembranePeptideNanotubeAbstractCyclicpeptidenanotubes(cyclicPNTs)areone class ofsyntheticnanochannels, widelyusedinthesimulationsofbiologicalwaterchannels.Watertransportation characteristicsofchannelproteinsmaychangeundersomeexternalstimuli.Inthis work,themechanismhowanexternalforceinfluencesPNTchannelstructureand watertransportationcharacteristics havebeenexploredindetail.Steeredmoleculardynamics(SMD)simulationswithconstantvelocityand constantforceschemeshavebeenperformedtostudythegatingmechanismofwater permeationacrossatransmembranepeptidenanotubeof8×cyclo-(WL)4/POPEunder anexternalforce(F=0~2.0nN)exertedontheC5atomofP4subunit.Theresults showthatthediameterdeformationquantity(?C3-C7)ofP4subunitincreaseswiththe augmentofforce.TheP3andP5subunitsonbothsidesofP4subunitalsohave certaindeformation,duetotheH-bondedinteractionsbetweentheseadjacentpeptidesubunits.TheP4subunitwas pulledintoanovalwithasizeof13.3?×5.6?underan externalforceof2.0nN.Thechannelwascompletelyclosedthen.Thestructural deformationofthenanotubeframeworkdirectlyleadstoachangeofwater-chain structure,causingwatermolecularconfigurationinthezonesbetweenP3andP5 subunitstochangesomewhat.Noobviouschangewasobservedwithin0.8nNof externalforce.Iftheexternalforceincreasesto1.6nN,nowatermoleculecouldexist atthepositionoftheforceexertionatz=2.4?.However,therewasstillasmall amountofwaterflowinthechannelthen.Thecomputationsofthefreeenergies [G(N)]ofdifferentwatermolecularoccupancies(N)underindividualexternalforces indicatethattheoptimalnumberofwatermoleculeschangeslittleandalmost maintains22within0.8nNofexternalforce.Butitwouldreducewhentheexternalforcefurtherincrease,becoming18whentheexternalforceincreasesto1.6nNand maintainingthenumberunderanevenlargerforce.TheH-bondedwater-chainwould begraduallydestroyedwiththeforceincreasing.ThenumbersoftheH-bondedon bothsidesofP4subunitmaintain8within0.8nNand0.9nNofexternalforces, respec