系统发生分析 p108.pptVIP

* 一种快速的聚类方法，不需要关于分子钟的假设，不考虑任何优化标准，基本思想是进行类的合并时，不仅要求待合并的类是相近的，而且要求待合并的类远离其他的类，从而通过对完全没有解析出的星型进化树进行分解，来不断改善星型进化树。 * * The best tree is found based on assumptions on evolution model Nucleotide models more advanced at the moment than aminoacid models Programs require lot of capacity from the system * The best tree is found based on assumptions on evolution model Nucleotide models more advanced at the moment than aminoacid models Programs require lot of capacity from the system * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 现代系统发生学 利用从遗传物质中提取的信息作为物种特征 具体地说就是核酸序列或蛋白质分子 关于现代人起源的研究: 线粒体DNA ——所有现代人都是一个非洲女性的后代 * * * * * * Cladograms show branching order - branch lengths are meaningless Phylograms show branch order and branch lengths * （1）如果是一棵有根树，则树根代表在进化历史上是最早的、并且与其它所有分类单元都有联系的分类单元； （2）如果找不到可以作为树根的单元，则系统发生树是无根树； （3）从根节点出发到任何一个节点的路径指明进化时间或者进化距离。 * * 对于给定的分类单元数，有很多棵可能的系统发生树，但是只有一棵树是正确的。 系统发生分析的目标 ——寻找这棵正确的树 * * * * * Distance matrix Maximum parsimony Minimum distance * Finds the optimum tree by minimizing the number of evolutionary changes No assumptions on the evolutionary pattern May oversimplify evolution May produce several equally good trees * * Maximum parsimony (example) * 两类数据： 距离 离散特征 离散特征数据可分为 二态特征——例如：DNA序列上的某个位置如果是剪切位点 多态特征——例如：某一位置可能的碱基有Ａ、Ｔ、Ｇ或Ｃ A distance matrix is calculated from the sequence dataset Algorithms: Fitch-Margoliash, Neighbor-Joining or UPGMA in tree building Simple, finds only one tree Somewhat old-fashioned (OK if your alignment is good and evolutionary distances are short) * * * * * * * * * * * * * 实际操作 Phylip软件包中的每个分析程序都是一个独立的应用程序。我们选择好了分析算法后，按一定的顺序组合使用选择的程序，就可以获得按选择的算法分析的结果（进化树）。 例子：从通过clustalw比对获得的蛋白序列推测进化树。 选择方法：距离法（protdist.exe） Bootstrap分析 Phylip软件包中有两个用于执行bootstrap分析的程序。(seqboot.exe, consence.exe)。 分析过程： 1. Seqboot产生大量的数据组； 2. 应用选择的算法对产生的数据组进行分析； 3. 由consence获得最优树。 第一步. 首先在序列比对程序（clustalX）中进行序列比对，然后将比对结果转换为phylip可读的格式。 第二步. 将 *.phy改名为infile（放在程序文件夹中），运行 seqboot，500 replicates. 第三步. 将outfile