化学信息学（第二版）Ch9.ppt

溶剂系统的显示 溶剂系统的优化 设为常数 溶液边界条件 优化收敛后体系能量 气态与液态优化后分子的重叠 重叠后的分子 分子动力学选项的设置 分子动力学平均数和图形的选择 分子动力学平均和图形 绘制分子性质图形 ? 在 Plot Molecular Properties，先要进行量子化 学计算，再进行必要的绘图设置，选择显示分 子性质类型（静电势、总自旋密度或总电荷密 度）。 ? 选择2D等高线或3D等值面的表现模式；设置等 高线和等值线的网格数值；设置分子显示的透 明度等。 ? 使用Display／Show Isosurface（F3）命令，可 控制是否显示分子性质图形。 ? 使用Display／Isosurface（F4）命令，可重新进 行分子性质图形的参数设置。 水分子的对准 水分子的CNDO设定 水分子的CNDO单点计算 水的分子绘图 分子性质绘图选项设置 水分子的三维等值面静电势图 水分子的三维等值面静电势图 分子轨道图、振动和电子光谱 ? Orbital（分子轨道）：使用鼠标点击轨道占据图 一个分子轨道，选择绘图方式（2D等高线或3D等 值面）后，点击“Options”按钮可以进行等高线和 等值面的显示模式、网格数值和分子显示透明度 等设置，点击“Plot”按钮可显示出分子轨道图。 ? Vibrational Spectrum（振动光谱）：在完成了量 子化学计算和振动频率计算（使用Compute／ Vibrations命令）后，可显示振动光谱。还可以会 示模拟的分子振动图形。 ? Electronic Spectrum（电子光谱）：先使用量子化 学方法进行单激发的组态相互作用（CI）计算。 可以显示电子光谱。 乙烯的分子轨道计算 选择分子轨道 分子轨道图的绘制 改变轨道大小 矩形柱的选择 L/R拖拉成矩形 圆形柱的选择 选择圆心L/R向外拖拉 侧链的选择和旋转 双击侧链的一方 右键拖拉旋转侧链 苯胺酸的α螺旋体厚带状显示 大分子的操作 ? 打开pdb5pti.ent文件。显示PDB文件的格式。 删除水分子（选择分子BPTI，反选），另存为 testbpti.hin。 ? 显示结构：选择骨架（Backbone）。只显示选 择项（Show Selection Only)。 ? 显示侧链：显示Alpha 螺旋体，选择从SER47 到55的残基。 ? 显示双硫桥：CYX14。 ? 显示环状结构：双击 S-S 键。 ? 显示氢键。 ? 侧链的旋转。 打开PDB5PTI.ENT文件 PDB5PTI.ENT的结构 蛋白质文件格式 PDB (ENT) ? PDB是蛋白质结构数据库（Brookhaven Protein Data Bank） 专用设计存储蛋白质的各种性质的文件格式。 ? PDB文件记录的信息详细且周全，它包括标题、一级结构、 二级结构、坐标、连接表等。 ? HEADER表示标题；COMPND表示蛋白质名；AUTHOR 表示作者姓名；REVDAT表示发表日期；JRNL表示发表 数据的文献期刊；REMARK表示注释，它带有参考文献和 实验条件的说明；SEQRES表示一级结构的残基序列信 息；二级结构信息以关键词HELIX、SHEET、TURN表 示；ATOM表示原子坐标，它通过标准格式进行排序； HETATM则是表示“非标准”原子的坐标；FORMUL表示 分子式；CRYST、ORIGX、SCALE分别表示晶胞参数和 坐标转换；CONECT表示原子连接关系；TER表示链状结 构的结束；MASTER表示则表示控制整个文件特殊记录； END表示结束标记。 HIV-1 Protease PDF 文件示意 删除水分子后的结构 只显示骨架结构 选择47-55编号残基 显示α螺旋结构 计算和显示氢键 分子力学能量的优化 ? ? ? ? ? ? ? 分子力学的能量计算公式。 使用记录文件（Log File）：开始、停止和注释。 选择分子力学方法：MM+、AMBER、BIO+、 OPLS。 创建椅式环己烷。显示结构性质：键长和键角。 进行单点计算（能量和梯度值）。 结构优化：能量和梯度值和结构性质。 将椅式环己烷转变为船式环己烷，优化前后结构 性质的变化。 扭曲船式环己烷的创建和优化。能量的比较。 分子力学计算方法设置 量子化学计算方法的设置 选择Amber的参数集 椅式环已烷的构建 几何构型的优化 椅式转换成船式环已烷 椅式转换成船式环已烷 创建扭曲船式环已烷 环已烷的三种构型 Amber2 Energy Gradient 椅式 1.33 0.0