SNP检测技术讲解课件.ppt

应用： 1.?确定基因多态性和疾病的关系???2.?解释个体间的表型差异对疾病的易感程度?3.?对未来疾病做出诊断?4.?研究不同基因型个体对药物反应的差异，指导药物开发及临床合理用药?5.?个体间SNP千差万别，通过SNP检测等技术进行法医鉴定及个体识别 优势 （1）质谱仪检测的是分子最本质的特征之一——分子量，不涉及荧光标记、凝胶电泳等，就能检测一个碱基的差异，准确性高，机器本身出错的概率非常低； （2）质谱仪的灵敏度非常高，检测窗口内，任何pmol级别的物质都能被检测出来； （3）通量高：几秒就能检测完一个反应孔； （4）操作简单，仪器要求简单，除质谱仪外，都是常规PCR仪器； （5）灵活：每天可以完成几个反应至上万个反应； （6）便宜：引物不带荧光标记，普通长度（3条引物总长80bp左右），此外在一个反应孔内能完成4个或更多的反应，即通常所说的4重反应； （7）兼容性强：质谱仪还能在核酸的其它方向，以及蛋白质组学、微生物鉴定等领域也能应用。 （8）质谱技术是“一管式操作”，即反应体系在生化学实验过程中始终在一个试管内反应，没有多次转移，这样就减少被污染的概率。 * 单核苷酸多态性(Single Nucleotide Polymorphism，SNP)，指由于单个核苷酸碱基的改变而导致的核酸序列的多态性。在不同个体的同一条染色体或同一位点的核苷酸序列中，绝大多数核苷酸序列一致而只有一个碱基不同的现象，即SNP。 SNP 是指在染色体基因组水平上单个核苷酸的变异引起的DNA 序列多态性, 而其中最少一种等位基因在群体中的频率不小于 1%。 [2 ]。例如, 一个SN P 可以将一个DNA 序列: AA GGCTAA 变为A TGGCTAA ,其中发生了A→T 的颠换。 * SNP在基因组内可以划分为两种形式: cSNP 经常引起表达蛋白的多态性变异, 有时会影响他们的功能特性。非同义突变(有氨基酸序列的改变)的频率, 比其他方式突变的频率低得多。 * 由于具有以上特点, SNP成为继RFLP (限制性片段长度多态性) , 微卫星(micro satellite) 多态标记后的第三代分子遗传标记。 用目前的方法每年可以检测出上千个基因中的SNP, 而其成本会随着技术和手段的不断成熟而大大降低,同时检出率也不断提高。 * 限制性片段长度多态性法 PCR- RFLP * 单链DNA或RNA在中性条件下会形成二级结构，不同的二级结构依赖于碱基的组成， * 随着DNA 测序自动化和测序成本的降低, 直接测序法将越来越多地用SNP的检测与分型。 * 根据其不同原理， SNP芯片技术又分 8 种， 分别是： 基于核酸杂交反应原理的SNP芯片、基于单碱基延伸反应原理的 SNP 芯片、 基于等位基因特异性引物延伸反应原理的 SNP芯片、 基于 “ 一步法” 反应原理的 SNP 芯片、 基于引物连接反应原理的 SNP芯片、 基于限制性内切酶反应原理的 SNP芯片、基于蛋白- DNA 结合反应原理的 SNP 芯片和基荧光分子- DNA结合反应原理的SNP芯片 * MALDI-TOF 激光解吸附电离飞行时间质谱 * 高效液相色谱仪的核心部件是DNA分离柱。将目标核酸片段PCR扩增, 在部分加热变性的条件下, 含有突变碱基的DNA序列由于错配碱基与正常碱基不能配对而形成异源双链。通过控制温度,将系统温度维持在接近DNA片段Tm值条件下运行, 不同的DNA分子将根据其与固定相亲和力强弱的不同而被先后洗脱下来。因包含错配碱基的杂合异源双链区比完全配对的同源配对区和固定相的亲和力弱,更易被从分离柱上洗脱下来, 从而达到分离的目的。SNPs的有无最终表现为色谱峰的峰形或数目差异,依据此现象可很容易从色谱图中判断出突变的碱基。 SNP检测技术 内容简介 1 SNP 概 念 2 SNP 特 点 3 SNP 检 测 技 术 4 实 验 SNP 的概念 单核苷酸多态性(Single Nucleotide Polymorphism，SNP)，指由于单个核苷酸碱基的 改变而导致的核酸序列的多态性。在不同个体的同一 条染色体或同一位点的核苷酸序列中，绝大多数核苷 酸序列一致而只有一个碱基不同的现象，即SNP。 它包括单碱基的转换, 颠换、 插入及缺失等形式 SNP在基因组内的形式: 一是遍布于基因组的大量单碱基变异; 二是分布在基因编码区(coding region) , 称其 为cSNP，属功能性突变。 SNP在单个基因或整个基因组的分布是不均匀的： （1）非转录序列要多于转录序列 （2）