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基于Struts2 + Spring + JPA生物信息数据库设计 　　摘要：应用目前主流Java开发技术：Struts2 + Spring + JPA实现生物信息数据库的设计。这种技术选型可以广泛地应用于JavaEE项目，通过该技术实现的生物信息数据库系统，在项目的功能扩展、层与层之间的解耦、ORM产品的切换等方面表现得很出色。 　　关键词：生物信息；数据库；JavaEE；Struts2；Spring；JPA 　　中图分类号：Q-31 文献标识码：A 文章编号：1674-0432（2011）-03-0283-3 　　 　　目前生物信息数据库的种类与数量众多，每种生物信息数据库提供的服务各有侧重。发表的相关文章都重点阐述生物信息数据库提供的服务，而对于数据库系统是如何实现的，涉及较少。生物信息数据库的开发通常情况下是由一个团队来完成的，生物工作者提出需求，程序员实现需求。两者共同实现生物信息数据的系统化，并以服务的形式提供给科研人员使用。 　　现在绝大多数生物信息数据库的实现采用的是B/S模式，因此SUN的JavaEE，Microsoft的.NET，LAMP(Linux+Apache+MySQL+PHP)都是理想的选择。在实际的生物信息数据库开发中，这三种技术体系均有采用。但考虑到JavaEE的开发者众多，而且它在生物信息数据库开发中使用频繁，因此JavaEE是一种不错的选择[1-2]。 　　 　　1 常用技术及框架介绍 　　 　　1.1 JSP动态网页开发技术 　　JSP(Java Server Pages),是SUN公司定义的一种用于开发动态Web资源的技术，这门技术的最大的特点是：编写JSP页面就像在编写HTML页面。但HTML只能为用户提供静态数据，而JSP技术允许在页面中嵌套Java代码，为用户提供动态数据。 　　1.2 表现层常用框架 　　1.2.1 Struts1 Struts1是Apache组织的一个开源项目[3]。主要采用Servlet和JSP,还有JavaBean、ResourceBundle、XML、commons-beanutils技术实现的。Struts1是一个基于JavaEE平台的MVC(Model-View-Controller,模型-视图-控制器)框架，它充分发挥了MVC模式的“分离显示逻辑和业务逻辑”的能力。 　　1.2.2 Struts2 Struts2从本质上讲并不是Struts1的扩展,它是从WebWork发展而来的[4]。Struts2提供了Web应用开发过程中的一些常见问题的解决方案，比如：在JSP页面上利用OGNL(Object-Graph Navigation Language: 对象-图导航语言) 对页面导航活动进行管理；对来自???户的输入数据进行合法性验证；资源的国际化和本地化；防止表单的重复提交。 　　与前述Struts1相比，Struts2具有一些明显的不同点: 　　(1)Struts1使用Servlet作为控制器; Struts2使用Filter作为控制器，可以方便地对应用程序里的所有资源(包括静态资源: JS、CSS等)进行控制访问。 　　(2)Struts2扩展更容易。Struts2通过拦截器完成框架的大部分工作。在Struts2中插入一个拦截器对象简便易行。 　　(3)Struts1中每个HTML表单都对应一个ActionForm实例; Struts2中HTML表单将被直接映射到一个POJO(Pure Old Java Object)上。 　　(4)Struts1的Action类必须继承org.apache.struts.action.Action类；Struts2中任何一个POJO都可以是一个Action类。 　　(5)Struts1的验证逻辑写在ActionForm中; Struts2中的验证逻辑写在Action中。 　　(6)Struts2在页面里使用OGNL来显示各种对象模型,可以不再使用EL和JSTL（JSP Standard Tag Library，JSP标准标签库）。 　　1.3 数据访问层常用技术 　　JDBC(Java DataBase Connectivity，Java数据库连接)是SUN公司为统一对数据库的操作 　　而定义的规范。它是使用Java访问数据库的核心技术[5]。而Commons DBUtils（Apache组织提供的开源 JDBC工具类库），SpringJdbcTemplate（Spring框架提供的一个JdbcTemplate工具类），则都是对JDBC的简单封装，使用它们不仅能极大简化JDBC编码的工作量，而且也不会影响程序的性能。 　　1.4 持久层常用技术 　　1.4.