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基于DNA链置换的分子逻辑运算 电气信息工程学院 2015年12月25日 目录 选题背景与意义 1 国内外研究现状 2 研究内容和方法 3 可能面临的难点与问题 4 拟采取的解决方法 5 研究目标 6 电子器件 生物分子器件 DNA分子器件： 存储容量大 可高速并行计算 其生产工艺日渐成熟 尺寸越来越小 技术水平已接近瓶颈期 多层逻辑电路级联 构造逻辑电路实现一定功能 在传统计算机中，集成电路的基本元件逻辑门由晶体管制成，但在生化电路中，逻辑门由短的单链DNA和部分双链特征DNA组成。晶体管以电子流入和流出晶体管作为信号，而DNA逻辑门以接收和发出分子作为信号。 构造了异或逻辑运算、半/全加器、半/全减器等 解决了4变量4句子的布尔逻辑问题 选题背景与意义 1 在之前研究中，DNA信号分子将几个不同的DNA逻辑门相连，组成多层的电路。这种电路从一个单独的逻辑门到一个五层的电路，运算速度降低了几个数量级。 基于DNA链置换反应的逻辑电路,具有以下优点： 电路元件可调，通过改变某些DNA分子浓度，可变换任意一个逻辑门； 且这些电路是多功能的，所有元件可即插即用来重新组装不同的电路； 逻辑门的分子结构简单，支持更加有效的高通量的合成方法； 运算速度更快。 选题背景与意义 1 采用DNA链置换反应前后的比较 以前构造的生化电路普遍具有局限性，而基于DNA链置换级联 反应，构造的分子元件结构简单且标准化、运作稳定且易升级。 这种生化电路可以使研究人员探索生物系统处理信息的原理，以及设计具有决策能力的生化通路。 在未来，一个设计合成的生化电路可被放入临床血液样本中， 检测各种分子在样本中的水平，用于诊断疾病。 选题背景与意义 1 基于DNA链置换反 应的逻辑电路意义 1 3 2 DNA自组装已用于设计分子马达、有限机器人、逻辑门、反应网络等，研究人员对其编程，可分析其动态行为，理论上比较完善，但仍在不断探索中。 2000年，由Chengde Mao，Thomas H.LaBean基于DNA三交叉分子算法自组装实现了逻辑XOR运算； 2010年，David Yu Zhang博士对动态DNA链置换电路做了各方面研究； 2011年，博士生钱璐璐等人基于DNA链置换级联反应实现了4位二进制数平方根的求解。 理论和实验互相促进，共同处于不断探索完善中 理论上 实验上 国内外研究现状 2 国外研究现状 最具代表性的是2006年，钱璐璐设计的仿中国地图。最近，我们实验室做的砖墙折纸术实验也取得了成功！以后我们就可以用实验来验证理论想法了。 实验研究较少 理论研究较多 在DNA自组装序列编码的优化方面，图顶点着色、背包问题、最大团问题，折纸术，布尔逻辑运算等方面都有深入研究。 随着国外DNA研究的快速进展，国内不少研究者也积极投入对DNA计算各个方面的研究中。 国内外研究现状 2 国内研究现状 ? 采用链置换级联技术构建逻辑电路，实现两个二进制数的求差功能； 用 Visual DSD 软件进行编程，对该实验过程进行仿真，通过仿真，观察其反应曲线并进行分析； 仿真曲线正确合理后，可设计相应实验。这一过程实现后可设计全减器、多位数减法器、一位及多位半加半减器和一位及多位全加全减器等。 研究内容 研究内容和方法 3 分支迁移与链置换的过程 研究内容和方法 3 双逻辑转换示意图 当输入信号为逻辑“0”时，即表示无输入，但在这种情况下，输出信号并不是绝对的逻辑“0”或逻辑“1”，有时会导致虚假错误输出信号的生成。为了避免这种情况的发生，此处采用了双逻辑的表达方法，即对输入信号x，将其代表“真”、“假”的两种情形都表示出来，记为“x0”和x1”。如果 xi0 =1，则 xi =0; 如果xi1 =1，则 xi =1。左图即为“与”门、“或”门、“与非”门、“或非”门的双逻辑转换示意图，如图 (a)~(d)所示。 研究内容和方法 3 数字逻辑门与生化逻辑门的转化 当且仅当输入信号的总浓度大于阈值的初始浓度时，才会生成输出信号，否则，输出浓度为0。依照经验值将“或”门的阈值取为0.6，“与”门的阈值取为1.2,报告表达门的阈值取为1.5 。 与门 或门 研究内容和方法 3 表3-1 半减器的真值表 图3-1 半减器的数字逻辑电路图 y1=? x1? x2 y2=( ?x1?x2) ?(x1 ? ?