两株嘌呤核苷工业生产菌的全基因组测序及序列研究-whole genome sequencing and sequence study of two purine nucleoside industrial producing strains.docxVIP

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2018-05-28 发布于上海
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两株嘌呤核苷工业生产菌的全基因组测序及序列研究-whole genome sequencing and sequence study of two purine nucleoside industrial producing strains.docx

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两株嘌呤核苷工业生产菌的全基因组测序及序列研究-whole genome sequencing and sequence study of two purine nucleoside industrial producing strains

本研究选取两株早期的肌苷生产菌枯草芽孢杆菌 ATCC 13952 和鸟苷生产菌枯草芽孢杆菌 ATCC 19217 为研究对象，通过 Illumina 高通量测序技术获得全基因组序列，并使用多种生物信息软件对基因组进行了初步分析，以期为深入研究两株菌的遗传背景信息、嘌呤核苷积累机制、分子育种等奠定基础。本研究结果如下：1、B. subtilis ATCC 13952 与 B. subtilis ATCC 19217 全基因组测序及功能注释采用 Illumina Hiseq 2000 测序平台，对 B. subtilis ATCC 13952 与 B. subtilisATCC 19217 进行全基因组测序，测序分别获得 689 Mb、1,675 Mb 的原始数据，测序深度分别达 170×和 400×。通过 Velvet 软件对测序获得的 reads 序列进行 denovo 组装得到 48 个和 54 个 Contigs。使用 SSPACE 软件对组装结果进行scaffolding，分别得到 26 和 33 个 Scaffolds。利用 Mummer 和 OSLay 软件将 Scaffold序列定位到参考基因组上，从而确定各个 Scaffold 的相互位置关系，然后针对内洞和外洞设计特异性引物对其进行填补，填补完后最终获得 B. subtilis ATCC13952 与 B. subtilis ATCC 19217 的完整基因组序列。基因组序列已提交 NCBI 数据库，登录号分别为 CP009748 和 CP009749。B. subtilis ATCC 13952 与 B. subtilisATCC 19217 的基因组大小为 3,876,276 bp、3,959,897 bp，GC 含量分别为 45.8%和 46.4%。B. subtilis ATCC 13952 共编码 3,852 个蛋白质基因，72 个 tRNA 和 7 个 rRNA 操纵子；B. subtilis ATCC 19217 共编码 3,677 个蛋白质基因，72 个 tRNA 和 7 个 rRNA 操纵子。2、B. subtilis ATCC 13952 与 B. subtilis ATCC 19217 基因组的序列分析基因组的序列分析主要包括：COG 和 GO 功能分类，基本代谢分析，比较基因组分析，嘌呤代谢相关基因分析等。通过将所有基因编码的蛋白序列与 COG 数据库和 InterProScan 数据库进行比对，然后按照分类标准将蛋白根据不同功能进行分类，分析各类功能对应的基因分布情况，发现在两株菌中大量基因集中于代谢、转录、生物合成等，表明菌株代谢活动较为活跃。通过 KEEG Pathway 数据库重建了两株菌的各个代谢途径，对参与各类代谢途径的基因组数量进行统计，并重点分析嘌呤代谢途径。将两株菌与其他 4 株亲缘关系较近的芽孢杆菌 B.amyloliquefacines XH7、B. amyloliquefaciens TA208、B. amyloliquefaciens DSM7及 B. subtilis 168 进行比较基因组分析，发现 6 株菌的基因组基本特征非常相似，并且具有高度保守的基因组结构，同时相对于最为原始的 B. subtilis 168 其他几株菌均存在着一些插入和缺失，另外基因组共线性分析显示 6 株菌具有很好的共线性，但在 B.amyloliquefacines XH7、B. amyloliquefaciens TA208 基因组中存在着一个较大 DNA 片段的倒位，而该 DNA 片段的侧翼正是原噬菌体所处位置，推断此倒位很可能是由于感染噬菌体，从而介导水平基因转移造成的。将嘌呤代谢相关基因所编码的蛋白序列与不积累核苷的标准株 B. amyloliquefaciens DSM7 的相应蛋白进行比对分析，发现了一些非常明显地有利于嘌呤核苷积累的突变，如 purA、drm、pbuX 基因的缺失。另外，发现了一些潜在地可能促进积累嘌呤核苷的突变，如 purF、guaA、pgi、purM、purL、purC 等，然而，多数蛋白并未发生突变，表明菌株有进一步菌种改良的潜力。本研究对肌苷工业生产菌株枯草芽孢杆菌 ATCC 13952 和鸟苷工业生产菌枯草芽孢杆菌 ATCC 19217 进行了基因组测序研究，基因组组装和补洞完成后获得基因组完成图，并进行了基因预测、功能注释与聚类分析。与其他几株芽孢杆菌基因组进行了比较基因组共线性分析，解析了嘌呤代谢相关基因编码的蛋白。论文研究工作为肌苷和鸟苷生产菌的相关分子育种的研究打下很好基础。关键词：肌苷；鸟苷；枯草芽孢杆菌；全基因组测序；比较