【生物信息学第二版】序列比对.pptVIP

UCSC基因组浏览器中所采用的多序列比对在多方面作了改进 首先，它采用了参照序列（reference sequence），使用BLASTZ将每一个序列与参照序列进行局部配对比对，参照序列中的一个碱基比对另一个序列中的至多一个碱基。 其次，依据计分矩阵和两序列的种系关系，对配对比对的结果进行所谓的“串连”（chaining）和“连网”（netting）。 接着，UCSC基因组浏览器使用MULTIZ对多个“串连”的配对比对进行渐进多序列比对。 小 结 序列比对是基因和DNA序列分析的基础，所依据的两个核心概念是同源和相似，同源序列一般是相似的，相似序列不一定是同源的。多序列比对是双序列比对的自然推广，采用更多物种的序列进行多序列比对常常能更准确和更可靠地揭示序列的同源性和保守域。 * 三、双序列局部比对 处理子序列与完整序列（或短序列与长序列）比对的一般过程是：设短序列a和长序列b，它们的长度分别为La和Lb，比对是在b序列中寻找La长度的a序列的过程。 四、多序列全局比对 多序列比对主要涉及四个要素： ①选择一组能进行比对的序列（要求是同源序列）； ②选择一个实现比对与计分的算法与软件； ③确定软件的参数； ④合理地解释比对的结果； 与双序列比对一样，多序列比对也有全局比对和局部比对。 （一）动态规划法进行多序列比对 （A）计算三个序列间的一个比对单元（i,j,k）依赖于其7个前