豌豆开花后特异表达基因PPF-1核酸和蛋白质序列分析8.PDFVIP

实用生物信息技术课程第 5 次作业 豌豆开花后特异表达基因 PPF-1 核酸和蛋白质序列分析 姓名 陈耿佳 学号 1301214752 组号 G01C 1. 研究背景和文献阅读 1) 利用各种不同方法，检索 PubMed 数据库中收录的开花后特异表达基因（Pea Post-floral-specific gene ，PPF-1 ）相关研究论文。 2) 认真阅读上述论文，简述 PPF-1 序列特征、表达特异性，以及可能的生物学功能。 2. 数据库注释 1) 检索 UniProtKB 序列数据库中豌豆内膜蛋白 PPF-1 的蛋白质序列，归纳总结该序列条 目的一般注释信息、序列注释信息、数据库交叉链接。 2) 利用注释信息中序列相似性和蛋白质家族注释信息，找出拟南芥中 PPF-1 同源蛋白 ALB3_ARATH 。 3) 浏览该同源蛋白的注释信息、文献报道和数据库交叉链接，说明其功能、亚细胞定位、 组织特异性、互作蛋白、结构域特征、剪接变体、序列特征、基因结构、基因组定位、 表达特异性等。 4) 通过上述 ALB3_ARATH 序列中的数据库交叉链接 AT2G28800 ，浏览该基因在拟南芥信 息资源系统（TAIR ）中的注释信息，归纳总结其基因结构、可变剪接方式、突变体、 文献资源等，并通过交叉链接 e-FP Browser 查看该基因的在不同组织中的表达，通过交 叉链接 Phytozome Plant Gene Families 查看该基因在其它植物中的同源基因。 3. 序列相似性分析 1) 利用 WebLab 中的点阵图程序 Dottup 、DotMatcher 、DotPath 对 PPF1_PEA 和 ALB3_ARATH 蛋白质序列及其编码基因的编码区序列进行比对，分析比较比对结果， 说明上述程序的适用范围。 Dottup: (A) Protein (B) CDS (Word size = 4) (Word size = 8) 1    实用生物信息技术课程第 5 次作业 DotMatcher (A) Protein (B) CDS (EBLOSUM62, Windowsize = 10, Threshold = 23) (EDNAFULL, Windowsize = 15, Threshold = 45) DotPath (A) Protein (B) CDS (Word size = 3) (Word size = 5) 三种程序都可用于两个序列的比对。Dottup 是精确匹配，两个序列比对中，word size 内 精确匹配时以图上的点表示，从点阵图则可直观看到两个序列的相似程度及匹配范围， 当两个序列匹配程度较高时适用，如果两个序列差异较大则不适用；会重复匹配，存在 符合 word size 的重复序列时会予以显示，当定义的word size 较小时往往会在对角线外 出现较多短线。DotMatcher 是近似匹配，用给定的计分矩阵对 windowsize 内的序列进 行打分，高于 threshold 的在图上以点显示，可用于匹配程度不高的两个序列；也存在重 复匹配。DotPath 与 Dottup 相似，是 word size 内的精确匹配，但不进行重复匹配 （non-overlapping wordmatch ）。三种程序均有相应的参数设置，需根据具体情况及实验 目的进行设置，用RNA 序列进行匹配时，相对于蛋白序列而言 word size 或 windowsize 应适当提高。PPF1_PEA 和 ALB3_ARATH 的序列相似程度并不高，相同位点为 327/466 (70.2%)，用