蛋白质功能分析与结构预测.pptxVIP

蛋白质功能分析调控GTP酶活性调控GTP酶Ras活性蛋白质功能预测新基因的可能功能已经了解到神经纤维素nf1基因的突变 与遗传性的多发性神经纤维瘤Ⅰ型疾病有关（neurofibromatosis 1）； 但关于该疾病的分子机制知之甚少。序列相似性分析发现 NF1 与酵母的IRA蛋白同源，该蛋白是一个GTP酶活性调控蛋白(GTPase activating protein) ，也已经知道在酵母细胞中其调控GTP酶Ras的活性。推断: NF1在人细胞中可能调控Ras蛋白； 然后进一步可以用生物实验加以验证。IRANF1蛋白质功能预测方法基于同源序列的蛋白质功能预测基于结构域（模体）的蛋白质功能预测基于空间结构的蛋白质功能预测基于相互作用的蛋白质功能预测基于同源序列的蛋白质功能预测 蛋白质A具有转录功能，蛋白质B与A在氨基酸序列上同源（直系同源），因而蛋白质B也具有转录功能。蛋白质A蛋白质BAB转录活性转录活性基于序列同源的蛋白质功能预测序列相似性比较作为一个非常有效的工具用于同源基因的发现基于序列同源的蛋白质功能预测转录活性基于结构域（模体）的蛋白质功能预测 一类基因具有转录功能， 且它们所编码的蛋白质都具有Y结构域（模体），蛋白质B也具有Y结构域（模体），因而蛋白质B的功能也应该与基因转录相关。转录活性蛋白质B 基于结构域（模体）的蛋白质功能预测蛋白质模体或结构域在氨基酸序列水平比其他区域保守，通过对序列比对可以发现这些在进化上较为保守的区域；蛋白质模体或结构域通常与该蛋白质的功能直接相关；根据模体或结构域信息可以对同源水平较低的蛋白质的进行功能预测。基于模体的蛋白质功能预测举例：SWISS-PROT Q03112基于空间结构的蛋白质功能预测 蛋白质A具有某一空间结构 ，而蛋白质B也具有与A类似的空间结构特征 ，因而蛋白质B具有与A 相似的功能。鼠的Abl 酪氨酸激酶人的p38丝氨酸激酶基于空间结构的蛋白质功能预测蛋白质结构决定蛋白质性质和功能，相似结构具有类似功能；结构比序列更保守，空间结构比较可以发现序列相似性很低但结构相似的远源同源蛋白，根据这些远源同源蛋白的结构和相关信息推测蛋白可能的功能。序列-结构比较结构-结构比较鼠酪氨酸激酶人丝氨酸激酶基于空间结构的蛋白质功能预测鼠abl酪氨酸激酶与人p38丝氨酸激酶序列比较基于空间结构的蛋白质功能预测蛋白质结构比序列更保守28％的序列一致性鼠abl酪氨酸激酶人p38丝氨酸激酶转录活性基于相互作用的蛋白质功能预测 蛋白质之间相互作用以及通过相互作用而形成的蛋白复合物是细胞各种基本功能的主要完成者。 蛋白质A具有转录功能，蛋白质B可以与蛋白质A相互作用，因而蛋白质B可能与基因转录相关。蛋白质B转录活性蛋白质A基于相互作用的蛋白质功能预测DCAEBA具有转录功能，蛋白B、C、D和E的功能可能与基因转录有关基于相互作用的蛋白质功能预测DIP蛋白质相互作用数据库（Database of Interacting Proteins）/蛋白质结构预测结构决定功能一级结构决定高级结构 —相似的氨基酸序列具有相似的结构相似结构具有类似功能蛋白质一级结构蛋白质一级结构就是氨基酸的排列顺序MTYKLILNGKTKGETTTEAVDAATAEKVFQYANDNGVDGEWTYTE蛋白质二级结构二级结构：主要由氢键维系的结构（α-螺旋、β-折叠）Protein 3D Structure无规则卷曲(coil)α-螺旋β-折叠环(loop)或转角Back蛋白质三级结构二级结构进一步折叠形成的结构域蛋白质空间结构确定方法实验方法X-射线晶体衍射最为精确的方法(~1A)体外，需要蛋白结晶 核磁共振(NMR)精确度次之(~1-2.5A)体内，不需要结晶适用于小分子蛋白蛋白质空间结构确定方法计算机方法– 结构预测蛋白质的氨基酸序列决定其结构，根据氨基酸序列来预测蛋白质结构。由于资金和技术等方面的限制，许多蛋白质的空间结构尚未测定。对于这些蛋白质，利用计算机方法进行结构预测是获得其空间结构的很好办法。蛋白质结构预测Swiss-prot405,506个记录PDB数据库55,000个空间结构TrEMBL6,964,485个记录蛋白质结构预测方法同源建模法（Homology）同源蛋白质具有相似的结构和功能根据序列同源性推断目标蛋白的结构折叠识别/穿线法（Threading）根据现有的蛋白质折叠类型来推断目标蛋白的折叠方式从头算预测法（ab initio）从序列到结构根据物理模型进行分子动力学模拟蛋白质同源建模主要思路： 对于一未知结构的蛋白质，找到已知结构的同源蛋白质，以同源蛋白质的结构为模板，为未知结构的蛋白质建立结构模型。依据： 蛋白质一级结构决定高级结构，相似序列具有相似结构。一般如果蛋白质序列一致性超过30%，则它们具