肝糖合成酶激酶3结构与功能的动力学研究及其抑制剂计划.pdf

摘要 摘要 kinanse synthesis3．GSK3)是一种多功能的丝氨 肝糖合成酶激酶3(Glycogen 酸／苏氨酸类蛋白激酶，在哺乳动物体内存在两种高度同源的0【和p亚型。其中 GSK313在肝糖合成，Wm以及NF．v．B等细胞转导途径中扮演着重要角色，通过 磷酸化多种底物蛋白参与肝糖合成，蛋白的转录激活，细胞增殖、分化和运动 等生理过程。然而当其在体内表达不当时，将导致异常的生理功能，引起如阿 尔茨海默病(AD)，癌症，II型糖尿病等人类所难以克服的疾病，目前已成为倍受 关注的药物靶点。本论文围绕GSK313与底物突变体复合物的结构与功能及 GSK3p与抑制剂的结合模式进行了理论计算方面的研究。 白，然而单个氨基酸的突变却导致该GSK3p．axin复合物难以稳定存在。为了探 讨V267G和L392P单个氨基酸突变对该复合物结构的影响以及导致该复合物离 解的机理，对复合物的野生型、V267G和L392P突变体三个体系分别进行分子 动力学模拟，并采用MM 于残基的能量分解。结果表明较强的疏水作用是维持野生型稳定存在的主要作 用力，而两个突变体复合物中的疏水作用均遭到了破坏，导致复合物难以稳定 变体复合物中的GSK3p均表现出良好的稳定性，而axin表现为两种不同的行为 状态。在V267G复合物中，由于支链的减少导致疏水作用降低，axin的N端发 生位置的偏移。在L392P复合物中，由于Pro残基是典型的氢键破坏者，使axin 的二级螺旋结构发生扭曲，原来有序的疏水作用遭到了破坏。另外从结合能的角 度揭示了突变体复合物与野生复合物相比较差的稳定性，并且发现前者疏水作 用项的能量对结合表现为不利因素。同时基于残基的能量分解表明突变体复合 物中的关键性残基均不利于复合物的稳定存在，尤其位于axin的N端残基更是 明显，这些与动力学模拟结果得出偏移或者变形的axin导致疏水作用降低是一 致的。 摘要 2．活化区域的磷酸根对RD激酶类的结构以及功能的实现有着重要的作用。 为了研究RD 的影响，并探究突变体选择性地对预磷酸化底物失去催化活性的原因，对该复合 物野生型、R96K和R96A突变体三个体系分别进行分子动力学模拟，并采用 MM GBSA方法计算pSer与osrop的结合能以及进行基于残基的能量分解。 结果表明野生型中RD口袋的三个正电荷残基与磷酸根形成较强的静电作用，复 合物结构呈现稍微闭合构象，解释引入预磷酸根使磷酸化效率提高这一实验现 象。而两个突变体复合物中osroD和ATP的结构均发生了变化，其中OSlOp 的结构变化分布在张开的A．100p(Activationloop)，偏移或变形的C．100p和偏离 的G．100p(Glyeine-richloop)，并且三者之间通过蛋白内部的疏水作用网络导致ATP GBSA得出突 的构象扭曲，破坏了磷酸根的线性转移失去催化活性。另外MM 变体复合物的结合能和静电作用项的能量均明显高于野生型的，这与模拟结果 得出突变体复合物中静电作用的减少相一致，说明突变体复合物的不稳定性。能 贡献，这与突变后的残基相对Arg具有较低形成静电作用的能力一致的。Argl80 和Lys205在三个体系中的贡献值几乎相同，这与Argl80和Lys205在三个体系 80在固定预磷酸根时 具有类似的作用模式也是一致的。同时发现Ar996和Argl 比较重要，因此两个残基为设计新型非ATP竞争性抑制剂提供了结构提示。 三种对接手段及分子动力学模拟方法来解释DT选择性抑制osa3p的作用机理， 并在此基础上提出结构修饰。结果表明HD与CDK5和osa3p的结合模式类似， 这与实验测的具有相差不大的抑制效果是一致的。运用同样的方法得到 袋及密集的静电作用网络无法容纳DT的胍基支链，因此DT对CDK5几乎没有 Ⅱ 摘要 抑制活性。分子动力学模拟方法揭示了DT与GSK31B独特的结合模式：A环的 羰基O原