疟蚊、家蚕、蜜蜂基因组中硒卵白的计算机预测.pdfVIP

摘 要 硒是生物体内的一种必需微量元素，与克山病、大骨节病、癌症等疾病密切相 关，在细胞生长、增殖和衰老、以及病毒繁殖等过程中发挥重要作用。硒在蛋白中 以第21种氨基酸――硒代半胱氨酸（Sec）的形式存在。Sec由UGA密码子编码，而 UGA 在经典的遗传密码中为终止码。硒蛋白中 Sec 的这种特殊的解码方式是由 mRNA 中一种特殊茎环结构，即Sec插入序列(SECIS)所介导，SECIS结构出现在硒蛋白mRNA 的 3′-非翻译区（3′-UTR）。此外，绝大多数已知硒蛋白具有含半胱氨酸（Cys）的同 源蛋白，Sec在这些同源蛋白中被Cys所取代。 基因注释是将基因组序列与它们可能代表的生物学功能联系起来的重要工具。 尽管越来越多物种的基因组序列和基因序列相继被公布和注释，但其中的硒蛋白基 因却不能像普通基因一样被正确识别，这是由于硒蛋白中编码 Sec 的密码子 UGA 的 双重解码方式，它使硒蛋白的自动注释工作变得很困难，造成绝大多数的基因组中 硒蛋白都被错误注释或者没有被注释。 本文下载了疟蚊、蜜蜂和家蚕三个物种的所有最新cDNA和DNA序列，并从cDNA 数据中选出所有由 GENSCAN、SNAP 或 BGI 等软件测试得到的基因。疟蚊、蜜蜂和家 蚕三个物种分别包含19839、45058、18518条单独基因。D