MD模拟研究Na+在环肽纳米管中的传输及其对管内水链布局的影响.pdf

+ MD 模拟研究Na 在环肽纳米管中的运输及其对管内水链结构的影响 中文摘要 中文摘要 本文采用全原子分子动力学（AA-MD ），模拟研究了钠离子在跨膜环八肽纳 + 米管8×(WL) /POPE 中的传输过程。采用ABF 方法获得了Na 在管内运动的PMF 4 + + 曲线，计算了Na 与周围环境的非键相互作用能，考察了Na 在纳米管内的存在 状态，并进一步分析了Na+ 的存在对管内水链结构和偶极取向的影响。 钠离子穿过纳米管的PMF 曲线呈现波状特征，相对于在mid-plane 区域，Na+ + 在-plane 区域具有较低的自由能。通过对 Na 与周围环境总非键相互作用能以 及该离子与管内水分子、纳米管骨架和POPE 磷脂分子间的静电相互作用能和范 + 德华相互作用能的计算，发现Na 与管内水分子间的静电相互作用能是体系总非 + 键作用能的主要来源。Na 处于纳米管的不同区域时，其周围纳米管骨架上羰基 基团偶极角度的分布表明 Na+ 的存在能够改变纳米管管口裸露羰基基团的偶极 方向，这与环肽纳米管具有对阳离子的选择性密切相关。 + 由于环肽纳米管管内的空间限制作用，在 Na 周围主要存在两个溶剂化水 层。Na+ 位于mid-plane 区域时，其周围第一和第二溶剂层中水分子个数分别为 4.50 和4.09 个，对应于-plane 区域，个数分别为2.50 和4.00 个。在纳米管内 远离Na+ 的区域，水分子中氧原子间的径向分布函数表明在这些区域的水分子以 近似1-2-1-2 水链结构排布。 带电 Na+ 的存在不可避免地会对管内水分子的偶极取向产生影响。研究发 + + 现，Na 的存在对管内水分子的偶极具有极强的定向作用。在 Na 和管口裸露的 带有部分负电荷的羰基氧原子的共同作用下，水链在纳米管两端的 gaps 1 和 7 处出现了―D-defect‖，这种缺陷的存在能够有效地调节缺陷两侧水分子的偶极方 向，有利于降低体系的能量。 关键词：分子动力学；Na+ ；环肽纳米管；PMF 曲线；水链 作 者：宋学增 指导教师：樊建芬 I Abstract Molecular dynamics study of Na+ transportation in a CPNT and its influences on water behaviors Molecular dynamics study of Na+ transportation in a cyclic peptide nanotube and its influences on water behaviors in the tube Abstract Na+ transportation through a transmembrane CPNT of 8×(WL) /POPE and its