应用份子模拟及计算化学方法研究份子的弱相互作用.pdf

O易牟1．弓 摘 要 r分子的弱相互作用的问题，在生物大分子体系和生命过程中起着十分重要的作 用。酶的催化作用、基因的复制与突变、药物与受体之间的识别与结合过程等都与这 一弱相互作用有关。随着理论化学的发展和计算机技术的较大提高，从理论上对这一 问题的实质进行计算成为可能，并且成为目前世界上热门的研究课题之一。)—一√ 在本论文中，我们主要应用近代的分子模拟和计算方法，从分子内弱相互作用以 及分子间弱相互作用两个方面进行了系统的探讨和深入的研究。以有机金属汞为代 表，研究了有机金属汞化合物中二级化学键这一分子内的弱相互作用，以及以环糊精 和杯芳烃这两个超分子体系为代表，探讨了分子间的弱相互作用的问题。 1．对于有机金属汞化合物，分别研究了烯基汞和芳基汞化合物中，Hg原子与非 键连的CI原子、N原子、叁键以及苯环礴之间的二级化学键这一弱相互作用o(通过 选择与参考体系进行对比的方法，分别应用分子力学(MM)、半经验量子化学方法 能量的对比、集居数的讨论以及波函数和键级的分析等方面，进行了系统的研究，表 明了有机金属汞化合物中这种二级化学键弱相互作用的实质，是在分子内Hg原子满 足几何构象适配性的条件下，Hg原子的空6p轨道与含孤电子对的原予或含有7c键原 子团的P轨道之间的弱相互作用。同时我们还探讨了二级化学键弱相互作用对有机金 属汞化合物性质的影响，表明了分子中二级化学键的形成，对分子的几何结构和性质 产生了不可忽视的影响。这一研究对有类似结构的其他有机金属化合物中，分子内的 弱相互作用的探讨，具有一定的指导意义和借鉴意义。)一q ／ 2．应用分子力学、分子动力学和半经验经验量子化学方法，对一系列的修饰环 糊精主体分子的结构进行了计算和研究，同时探讨这些主体分子与链烷烃、环烷烃、 直链饱和醇和脂环醇类客体分子所形成的主客体配合物的结构以及分子间的弱相互 作用的问题。 t=：一 ，在整个计算中，首先通过分子力学方法得到了主体分子的稳定构象，并用半经验 量予化学方法对主体分子的结构进行了研究，表明不同的修饰基团对主体分子的极性 有一定的影响，而对主体分子整体结构及电荷分布影响较小。 通过对天然环糊精、不同修饰环糊精包结几类客体分子过程的分子力学模拟，得 到了主客体配合物的稳定构象以及结合能，并对主客体配合物的性质进行了半经验量 子化学计算。计算结果表明，环糊精中引入了一定的修饰基团后，可以作为一个识别 客体的“探针”，增大对客体分子的识别能力；主客体配合物中范德华相互作用是分 子间的主要作用力；主体分子中引入修饰基团的不同以及客体分子的形状、大小以及 构象因素，在主体分子包结和识别客体分子的过程中均有着重要的影响。L虬，～ 应甩分子动力学方法模拟了主客体配合物在水溶液中的行为，表明了水分子的存 在有利于主客体分子的形成以及配合物的稳定。 3．对于杯芳烃分子，主要选取了四个部分乙基和部分甲基取代的杯[4】芳烃为研 究对象鬼用分子动力学、分子力学以及半经验量子化学的方法进行了专lEj霾鼬研 究。 飞 ≈—“：一 『，一是应用分子动力学方法获得杯芳烃主体分子的不同构象的稳定结构，应用分子 力学和半经验量子化学方法对其各种构象的几何结构、能量、电荷等方面进行了分析， 表明了在没有溶剂的情况下，杯式构象趋于比较稳定。 二是应用分子动力学方法探讨了在不同温度下各种构象之间相互转换的可能性， 表明了当分子的下缘取代基团比较大时，增大了苯酚环发生翻转的空间位阻，各种构 象之间翻转的难度将有所增加。同一杯芳烃分子的不同构象之间的转换，都将随着温 度的升高而变得相对容易些。通常在室温的情况下，构象之间难以发生翻转。 三是应用分子动力学，分子力学以及半经验量子化学方法，研究了主体分子与脂 肪胺类客体分子在四氯化碳和氯仿溶剂中形成的主客体配合物，表明了当客体分子较 大时，不同极性的溶剂对配合物分子的电荷、偶极矩以及稳定性有着明显的影响，而 对较小的客体分子来说影响不大。L咄 ＼厂 f 关键词：问日相互作用，分子模拟，二级化学键，有机金属汞化合物，环糊精，杯芳烃， ，．：『主。客体配厶凯