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几类常见RNA二级结构预测方法 　　摘要：RNA作为生物遗传信息传递和复制的重要组成部分，其结构非常复杂。使用计算机算法预测大分子量的RNA二级结构将是一个行之有效的途径。本文将介绍目前常用的几种RNA二级结构预测算法，并对其特点进行初步的比较分析。 　　关键词：RNA二级结构；算法；自由能；茎区 　　中图分类号：Q522文献标识码：A文章编号：1006-8937（2012）05-0042-02 　　RNA分子是生物体内参与各种如细胞分化、代谢、记忆存储等重要生命活动的一类大分子，其常见种类有：rRNA、mRNA、tRNA。其中除tRNA分子量较小外，其余RNA分子都具有非常大的分子量且结构复杂。传统的物理、化学结构预测方法只适用于测量分子量较小的RNA。而针对大分子量的RNA二级结构预测，使用计算机技术预测是一条行之有效的方法。本文主要介绍基于系统发育比较和自由能最小两种技术的RNA二级结构预测算法，并对算法的特点做出简单的阐述。 　　1RNA二级结构的预测方法 　　从1960年fresco等提出第一个RNA二级结构预测算法开始，RNA二级结构的预测算法经历了近半个世纪的发展，已日趋成熟。1987年Von heijin对各种预测RNA二级结构的方法进行了综述[1]。1971年Tinoco et.al首次估算了与二级结构相关的能量，包括双链区中堆叠碱基对相关的稳态能量