生长素反应体系TIR1-Auxin的分子模拟研讨.pdfVIP

摘要 摘要 本文基于生长素受体TIRl的确定和受体复合物晶体结构的解析，利用分子 模拟计算方法中的分子对接、分子动力学模拟和量子化学计算方法，研究早期 生长素反应的作用机理。 素分子队A、1-NAA、2,4．D和2．NAA组成14个生长素反应体系。针对生长素反 应体系模型采用的3种理论计算方法分别是：受体体系完全刚性和活性残基部分 柔性的两种分子对接计算、分子动力学模拟进行生长素体系的能量最小化和动 力学平衡计算以及量子化学密度泛函理论B3LYP／6．31G(d)基组水平的能量和电 子结构计算。 分子对接和分子动力学模拟方法研究辅酶InsP6、中心水分子以及生长素底 物I从7在早期生长素反应中的作用。辅酶InsP6位于非活性口袋的入口，保证生 长素正确地对接到活性位点上，与周围氨基酸残基形成的氢键作用能够保持活 性口袋的稳定结构；中心水分子在生长素进入反应体系的初期阶段与生长素形 成氢键作用，引导生长素分子采取适合的结构取向与受体TIRl结合；在生长素 反应中底物IAA7多肽链的动力学特征明显，首尾末端氨基酸残基伸展，有利于 GWPPV序列参与进一步的生长素基因表达。 量子化学方法计算生长素与活性氨基酸残基的相互作用方式，结果表明生 长素反应体系中基组重叠误差BSSE比较显著，BSSE校正能量大小与生长素和活 性氨基酸残基之间的相互作用强度一致；生长素分子的共轭结构有利于电荷的 转移，部分电子通过氢键作用从生长素分子转移到活性氨基酸残基上，降低生 长素与活性氨基酸相互作用能量。 综上，生长素与受体TIRl之间主要的相互作用方式是氢键作用，生长素分 子犹如L蛆7底物多肽的“引发器”，激活LAA7与受体TIRl之间的相互作用，促 使早期生长素反应完成，引发进一步的生长素信号传导。生长素反应体系分子 模拟研究为生长素反应的作用机理的研究工作提供初步的理论基础。 关键词：生长素反应；分子模拟；分子对接；分子动力学模拟；量子化学计算 Abstract Abstract Molecular simulationand aremolecular docking,MD quantumchemistry are to themechanismof auxin modelingmethods．nleyappliedstudy early based011theconfirmationofTIRl asauxin andthe perception protein receptor TIR1 structureof crystal complex． Inthis ofauxin modelsareestablishedSO： study,5groups perception including andS4：TIR and2．NAA 14 1一InsP6-IAA7．Fourauxins队A，1-NAA，2，4_Dcompose auxin kindsoftheoretical methodsare perceptionsysterns．Thrag computation asfollow：twokindsofmolecular wiⅡl applied respectively rigid docking receptor a