遗传图绘制PPT课件.ppt

科学家们正对很多人的基因组进行大规模的测序，以找出所有的SNP，并绘制SNP的图谱。 每个人都有他自己的SNP类型。 根据SNP类型将一个大的人群分为小的群体。 不同SNP类型的人对治疗的反应不同。 将来，在确诊后，根据患者SNP类型来确定治疗方法。 SNP类型还有助于发现疾病基因。 只在疾病患者上发现的SNP是疾病基因的标记。 有的SNP在基因附近，通过SNP可发现疾病基因。 SNP类型还有助于发现患病的危险性。 例：在随机抽取的100正常人中，80人有SNP A，20人有SNP B。而在100个肾癌患者中，60人有SNP A，40人有SNP B。 SNP B的人患肾癌的危险性比SNP A的人高。 通过SNP图谱，研究SNP与疾病易感性，治疗有效性等的关系。 生活方式的干预（吸烟，饮酒）,选择适当疗法。 2.3 遗传作图的方法 理论基础：采用一组分子标记构建遗传图 的方法主要依赖于连锁分析。 基本方法：两点测验法和三点测验法 2.3 遗传作图的方法 连锁分析是遗传作图的基础：1905，Bateson，Saunder和Punnett首创；1911年Morgan揭示了连锁分析的意义 在同一条染色体上的基因间表现出遗传连锁(Genetic linkage)，因为它们都是在同一条长的DNA分子上 部分连锁与重组： 比利时细胞学家Janssens发现减数分裂时同源染色体的交换 Sturtevant：2 个彼此靠近的基因之间因交换而分离的频率，要比相互远离的2个基因之间发生分离的频率要小 重组率则可成为测量基因之间相对距离的尺度，只要获得不同基因之间的重组率，就可绘制一份基因位于染色体上相对位置的地理图 部分连锁与遗传作图 构建遗传图谱的基本原理 真核生物遗传过程中会发生减数分裂，此过程中染色体要进行重组和交换，这种重组和交换的概率会随着染色体上任意两点间相对距离的远近而发生相应的变化。 根据概率大小，人们就可以推断出同一条染色体上两点间的相对距离和位置关系。 正因为如此，我们得到的这张图谱也就只能显示标记之间的相对距离。我们称这一距离(概率)为遗传距离(cM)，由此构建的图谱也称为遗传图谱。 连锁遗传图的做法 一般以最左端的基因位置为0，如发现有新的基因在更左端的位置时，把0点让给新基因，其余的基因座位作相应移动 由于较远的两基因之间发生偶数次交换，但没有出现重组类型，所以交换值要大于重组率。绘制连锁遗传图时，需根据重组率进行图距的校正 遗传图的偏离 重组热点：近端粒区、着丝点区特异基因区段（小鼠主要组织兼容性复合座位）性别影响：不同性别具有不同的重组热点 2.3.3 不同模式生物的连锁分析 连锁分析分为3大范畴： 1. 有性杂交实验 2. 系谱分析 3. DNA转移 杂交实验的连锁分析 选择已知基因型的亲本，设计杂交方案，获得交配的子代并分析其表型和基因型 对于高等真核生物的常规连锁分析并不是直接检查配子，而是检测分别来自两个亲本配子融合形成的二倍体基因型，即进行遗传杂交 两点杂交和多点杂交 两点杂交：常用测交方法分析子代基因型分离比测交：杂合体X隐性纯合体  子代表型逆推亲代交换率 多点杂交：三个位点分析——双杂交 子代基因型 观测数 推测的重组事件 ABC/abcabc/abc 987 无重组，均为亲代基因型 aBC/abcAbc/abc 51 A和BC之间发生一次重组 ABc/abcabC/abc 63 B和AC之间发生一次重组 AbC/abcaBc/abc 2 发生两次重组，一次发生在C与A之间，一次发生在C与B之间 RFLP连锁图 RFLP是第一种用于研究的DNA标记（David Bostein，1980） 基本设想：由于同源染色体同一区段DNA顺序的差异，用限制酶消化时，会得到长度各不相同的限制性片段。经过琼脂糖凝胶电泳分离，可直接显示不同个体同一位点DNA组成的差异 由于限制酶的专一性，用不同的限制酶处理同一DNA样品时，可以产生与之对应的不同限制性片断，从而提供大量位点多态性信息 2. 简单序列长度多态性(SSLP) 1) 可变排列的简单重复序列, 即重复次数不一, 在染色体的同一座位重复序列拷贝数不同; 2) SSLP的类型: 小卫星序列(minisatellite), 有时又称可变串联 重复（VNTR），重复单位较长。重复序列为16-100个核苷酸，主要分布在染色体端粒及着丝粒 微卫星序列(micrisatellite), 或称简单串联重