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生物信息学导论Introduction to Bioinformatics 朱怀球 力学与工程科学系 湍流与复杂系统国家重点实验室 理论生物学中心 Tel:Office） Lab） E-mail: hqzhu@ 传统生物学：实验科学 现代生物学的发展： 1、高通量数据获取日益实现自动化、半工业化 从数据库中实现数据挖掘、知识发现 2、海量数据 难以完全依赖实验手段对新数据进行分析，必须借助计算机实现分析和筛选 3、更复杂层次的生物学问题 复杂的基因调控网络、代谢网络；细胞间信号转导过程；生物个体全部基因表达变化…… 分析、筛选大量新数据 生物中的复杂网络、复杂过程、复杂现象 理论生物学 计算生物学 21世纪生命科学 理论 计算 实验 数学与物理科学 计算生物学/理论生物学与传统生物学的关系 实验永远起着决定作用 计算/理论生物学的发展离不开实验生物学的贡献 实验生物学日益依赖计算/理论生物学的指导 美国国家卫生研究院（NIH）的定义： Bioinformatics (Research, development, or application of computational tools and approaches for expanding the use of biological, medical, behavioral or health data, including those to acquire, store, organize, archive, analyze, or visualize such data.) 为拓展生物学、医学、行为学和卫生学数据的用途，而进行有关计算机方法手段的研究、开发与应用，包括此类数据的采集、存贮、整理、归档、分析与可视化。 Computational Biology (The development and application of data-analytical and theoretical methods, mathematical modeling and computational simulation techniques to the study of biological, behavioral, and social systems. ) 开发和应用数据分析、理论方法、数学模型和计算机仿真技术，用于生物学、行为学和社会群体系统的研究。 Bioinformatics Computational Biology What is Bioinformatics / Computational Biology ? 生物信息学（Bioinformatics）的来源 ?Dr. Hwa A. Lim （林华安）1987年提出 “Bio-informatique” → “Bioinformatics” 1955年出生于马来西亚。联合国Bioinformatics专家，University of Texas at Dallas分子与细胞生物学Adjunct Professor、中国科学院基因遗传研究所客座教授。1981年英国伦敦大学帝国学院(Imperial College, London University)毕业，1986年获得美国Rochester University生化物理学博士学位，30岁取得佛罗里达州立大学终生教授。1992年受聘担任美国国家癌症中心及美国国家科学基金会审核委员。1995年后，历任多家生物科技公司生化信息执行长、副总裁等高层管理职位。1997年，创立结合软件与数据分析的专业顾问公司D’ Trends，服务生物技术、制药及卫生保健等机构。 林华安最近又将Biothechnology、Information结合纳米科技（Nano），提出 Binformatics（生纳信息学）。 生物信息学之父——林华安 多学科交叉、互相推动发展生物学、物理学、化学、数学、计算机科学、信息科学、系统科学····· 以基因组DNA序列信息为源头，识别基因组序列中代表蛋白质 和RNA基因的编码区，阐明非编码区的信息特征，破译隐藏在 DNA序列中的遗传语言规律； 同时，归纳、整理与基因组遗传语言信息释放及其调控相关的 转录谱和蛋白质谱的数据，从而认识代谢、发育、分化、进化 的规律。 生物信息学/计算生物学 揭示基因组蛋白质组信息结构的复杂性、遗传语言的根本规律 生物学信息的计算机处理 计算生物学 / 理论生物学 前基因组时代的“钓鱼”和后基因组时代的“捞鱼”