基因组与蛋白组学技术-蛋白质组学——20151231版.ppt

定量差异蛋白组学 稳定同位素标记技术（SILAC） 同位素标记相对和绝对定量技术（iTRAQ） 策略：高效液相分离+液质联用质谱仪 * 最准确定量、适用于可传代的细胞。 培养基中添加轻、中、重型同位素的必须氨基酸进行细胞培养，经过6-7代后，使细胞内蛋白被稳定同位素标记。 稳定同位素标记技术（SILAC） 稳定同位素不具放射性 * 6Da 10Da 4Da * 技术特点和优势 * 1、代谢途径标记蛋白，标记效率100%。 2、体内标记，符合真实状况，定量精确。 3、SILAC技术定量、定性同时进行， 4、高通量、高灵敏度：可鉴定并定量数千种蛋白质，可检测纳克级蛋白。 * 目的：IBV病毒与vero细胞相互 作用的机制。 结果：1830种细胞蛋白显著差异，受到NF-kB、AP-1调控。 意义：源头寻找IBV病毒作用宿主细胞的机制研究。 Quantitative Proteomics Using Stable Isotope Labeling with Amino Acids in Cell Culture Reveals Changes in the Cytoplasmic, Nuclear, and Nucleolar Proteomes in Vero Cells Infected with the Coronavirus Infectious Bronchitis Virus* Mol Cell Proteomics. 2010 信息学分析：蛋白功能分类、信号调控、相互作用。 功能：NF-kB、AP-1。 Mol Cell Proteomics. 2010 同位素标记相对和绝对定量技术（iTRAQ） 用iTRAQ同位素试剂标记多肽N末端或赖氨酸侧链基团。 可同时标记8组样本。 应用：应用于所有物种、组织、细胞。 * 技术特点与优势 1、体外标记效率高，达到97%。 2、可对多达八种不同样本同时进行定量分析? 3、iTRAQ技术定量与定性同时进行。 4、高通量、高灵敏度：鉴定定量数千种蛋白质，检测纳克级蛋白。 * 目的：哺乳动物胚胎发育过程中，牛囊胚和桑椹胚蛋白质组的变化。 结果：140种差异蛋白，上调的蛋白中有 73%是与翻译活性有关的蛋白。 Proteomics. 2014 * 2-DE DIGE SILAC iTRAQ 适用范围 +++ ++++ + +++++ 灵敏度 +++ +++++ +++++ +++++ 蛋白鉴定数 +++ ++++ +++++ +++++ 定量精确性 ++ ++++ +++++ ++++ 费用 ++ ++++ +++++ ++++ * iTRAQ SILAC 双向电泳 DIGE 基于凝胶 基于液质联用 中山医学院蛋白质组学实验室 中山医学院蛋白质组学实验室 课 题 组 成 员 中山医学院蛋白组学实验室 1、欢迎合作 2、对外服务 联系人：胡坤华 电 邮箱：hukunh@ 谢 谢！ * * 选择差异蛋白峰值标准差P0.05有意义，差异倍数1.5。 * CRMPs 切割位点的分析 t-CRMP3、t-CRMP4促神经元凋亡 Calpain其它候选底物的验证 2009, Proteomics 特 色 和 创 新 从源头寻找调控凋亡蛋白质 发现了新的Calpain底物 揭示底物的新功能——调控细胞凋亡 * 前列腺癌蛋白质组学 实例2 局限型：预后良好 转移性：恶性，预后差 缺乏明确诊断 丧失治疗时机，浪费人力物力 * 前列腺癌转移相关蛋白的蛋白质组学研究 Cy2(内参) Cy3(局限型) Cy5(转移型) 实例4 CRMP-4 前列腺癌转移标记物 * 局限型 转移型 CRMP-4 ↓ * CRMP-4 在转移型中下调 局限型 转移型 L6 J Proteome Res 2010 9 216-26 2010, J Proteome Res * CRMP-4 抑制转移 Oncogene 2010 29 4555-66 前列腺癌治疗靶标 2010, Oncogene * 1、2011年广东省科技进步一等奖 前列腺癌的分子诊断 2、2012年国家科技进步奖一等奖 前列腺癌诊疗体系的创新及其关键技术的应用 3、专利、试剂盒(已测九百例）研发和产业化 用于前列腺癌转移早期诊断的试剂盒 专利公告号：CN102051408A * 酵母相（致病型） 马内菲青霉菌致病的蛋白质组学研究 菌丝相（非致病型） 实例3 * Cy2(内参) Cy3(酵母相) Cy5(菌丝相) 酵母相特异表达的蛋白质 HSP catalase/per