基因多态性数据库与运用PPT.ppt

5.6 基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱(MALDI－TOF) 原理：通过PCR扩增目标序列，然后加入SNP序列特异延伸引物，在SNP 位点上，延伸1个碱基。将制备的样品分析物与芯片基质共结晶， 将该晶体放入质谱仪的真空管, 而后用瞬时纳秒(10-9s)强激光激发， 由于基质分子经辐射所吸收的能量，导致能量蓄积并迅速产热， 从而使基质晶体升华，核酸分子就会解吸附并转变为亚稳态离子， 产生的离子多为单电荷离子，这些单电荷离子在加速电场中获得 相同的动能，进而在一非电场漂移区内按照其质荷比率加以分离， 在真空小管中飞行到达检测器，离子质量越小，就越快到达。 特点：高通量、准确性高、简单、灵活、灵敏度高 分析流程图 1 分析流程图 2 Copy Number Variants (CNVs) 野生型DNA片段 DNA片段的缺失 DNA片段的插入 A B C A B C A B N A C B DNA片段的倒置 B A C G H I G H I C DNA片段的移位 G A B H C I DNA片段的互换 DNA片段多态性 Many variants with small effects, a smaller number with intermediate effects and relatively few with large effects. Nat Rew Genet, 2005,[6(2)] 109-118 An L-shaped or exponential distribution of variants effect sizes has wide support. 88% of trait-associated SNPs (TASs) were intronic (45%) or intergenic (43%), 12% located in, or occur in tight linkage disequilibrium with, protein-coding regions of genes. N Engl J Med 2010;363: 166-76. PNAS,2009 [106(23)] 9362-9367 四、SNPs概论 1. 定义：单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism, SNP,发音为“snip”)是指在基因组水平上由单个核苷酸的变异所引起的DNA 序列多态性。 2. 特征： 是最常见的一种变异，约占所有已知多态性的40%； 分布广，1个/300~1000个碱基对, 总数可能＞2470 万； 由单个碱基的转换(transition)或颠换(transversion)所导致； 转换的发生率较高，SNP中转换型变异者约占2/3；(可能是因为 CpG 二 核苷酸上的胞嘧啶残基最易发生突变，其中大多数是甲基化的，可自发地脱去氨基而形成胸腺 嘧啶) SNP基本上表现为二等位多态性； 根据SNP在基因中的位置，可分为基因编码区SNPs(Coding-region SNPs,cSNPs)、基因周边SNPs(Perigenic SNPs,pSNPs)以及基因间 SNPs(Intergenic SNPs,iSNPs)等三类； 位于编码区内的SNP(coding SNP,cSNP)比较少，又可分为2种： 同义(synonymous)cSNP和非同义(non-synonymous)cSNP，参与蛋白 质编码； 位于非编码区内的SNP比较多，其变异率是cSNP的5倍，参与基因表 达的调控； 先形成的SNP在人群中常有较高的频率，而后形成的SNP频率较低； 3.现有SNP在白色、黑色和黄色人种中的分布 频率＜20%，占7%； 实验无法证实者，占17%； 在一个人种中频率≥20%，占76%； 在二个人种中频率≥20%，占53%； 在三个人种中频率≥20%，占27%； Occurrence of SNPs in the Human Population and Their Representation in the Current Collection Nature Genetics 2001, 27:234-236 4.SNPs网上资源主要有: NIH的dbSNP多态性数据库: /SNP 德国的HGBAS网站的人类SNP数据库: hgbas.cgr.ki.sei 日本建立的JSTSNP数据库: snp.ims.utolkyo.ac.jp N