生物信息学 NCBI数据库PPT.ppt

生物信息学课件;讲述内容;一、生物信息学和我的实验室;生物信息学（Bioinformatics）是在生命科学的研究中，以计算机为工具对生物信息进行储存、检索和分析的科学。它是当今生命科学和自然科学的重大前沿领域之一，同时也将是21世纪自然科学的核心领域之一。其研究重点主要体现在基因组学（Genomics）和蛋白质组学（Proteomics）两方面，具体说就是从核酸和蛋白质序列出发，分析序列中表达的结构功能的生物信息。;主要研究方向;简单重复序列 简单重复序列(Simple Sequence Repeats，SSRs)也称微卫星序列(Microsatellites)或短串联重复序列(Short Tandem Repeats，STRs)，是由1-6个碱基对组成的串联重复DNA片段。SSRs在真核和原核生物的基因组中分布广泛、数量丰富, 并具有较高的突变频率。 如: (A)n、 (ACG)n、(ATCG)、(ACCCTT)n ;简单重复序列与人类疾病;我们实验是近几年发的文章;NCBI数据库;1、国外重要生物信息中心;*;NCBI homepage;*;*;*;*;*;*;*;*;NCBI介绍 ;NCBI ;它的使命包括四项任务：;NCBI数据库介绍 　　 Nucleotide 　　 美国国立卫生研究院GenBank。 Genome 　　 即基因组数据库，提供了多种基因组、完全染色体、 Contiged 序列图谱以及一体化基因物理图谱。 Pubmed 文献数据库。 Structures 　　 即结构数据库或称分子模型数据库(MMDB)，包含来自 X线晶体学和三维结构的实验数据。MMDB的数据从 PDB(Protein Data Bank)获得。 Taxonomy 　　 即生物学门类数据库，可以按生物学门类进行检索或 浏览其核苷酸序列、蛋白质序列、结构等。 …… 　　;*;Nucleotide 该数据库由国际核苷酸序列数据库成员美国国立卫生研究院GenBank、日本DNA数据库(DDBJ)和英国Hinxton Hall的欧洲分子生物学实验室数据库(EMBL)三部分数据组成。 这三个组织联合组成国际核苷酸序列数据库协作体，每天交换各自数据库中的新增序列记录实现数据共享。 其中的核酸序列数据也通过与基因组序列数据库(GSDB)合作获取。 ;??择数据库;Entrez简介;无对应结果;基因组的相关的信息;;详细结果;注释部分;常用序列格式：FASTA格式;多序列FASTA;*;*;*;*;PubMed;PubMed查找文献;PubMed主页;PubMed查询结果;显示单篇文章摘要;原文章所在杂志;下载页面;*;Blast;序列比对;Blast比对;主要的blast程序;Blast结果给出的信息;从主页进入blast;Blast主页;参数设置;结果解读;1.结果总览;2.比对结果描述;Blast程序评价序列相似性的两个数据;3、各序列比对详情;双序列比对;Blast主页;Thank you and questions;调课通知