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上海交通大学硕士论文 几个NP 完全问题的DNA 计算 摘 要 DNA 计算是1994年由美国加利福尼大学的Adleman博士[1]提出 来的。他富有开拓性地为科学领域开创了用分子生物技术进行计算 的新方法，成为人类科学发展史上的一次革命性的里程碑。在以后 短短的几年里，关于DNA计算的研究已经取得了不少令人欣喜的结 果。 国际上掀起了一场研究DNA计算的“热潮”。 本文首先介绍了 DNA 计算的基础知识，DNA 计算的研究现状 和 DNA 计算发展的光辉前景。同时我们发现现在用 DNA 计算方法 已经解决的NP 问题大多数是无权值的NP 问题，而在实际生活中我 们经常遇到需要解决的问题是有权值的 NP 问题，例如旅行商问题 和最短路径问题。结合这一实际情况，我们首先介绍了 Adleman- Lipton 模型，然后我们利用这一模型，通过基本的生物化学实验， 设计了合适的程序步骤，理论上成功地解决了上述两类 NP 问题， 使得在电子计算机上需用指数级的时间内解决的这两类 NP 问题， 用DNA 计算在多项式的时间内能解决。 另外目前DNA 计算大多数是在试管溶液中进行的，它的基本操 作是将经过编码的DNA 链作为输入分批置入试管中，在试管中通过 设定的生物化学反应来完成运算，并从反应后的产物中得到全部的 解。这种在溶液中的DNA 反应虽然具有较强的灵活性，但也存在若 干难以克服的困难，如中间产物分离困难、反应体系复杂、中间过 I 上海交通大学硕士论文 程难以监控、反应的可重复性较差、与电子计算机难以实现融合等。 针对这种情况，结合现在实际的操作要求，目前有人用表面计算的 方法解决这类难题。在文中我们利用一种新的表面计算方法理论上 成功地解决了一个 NP 问题——连通性问题，并以它为例详细的说 明了这种方法的思路和操作过程。 关键词：DNA 计算，表面计算，Adleman-Lipton 模型，连通性问题， 旅行商问题，最短路径问题 II 上海交通大学硕士论文 DNA COMPUTATION ABSTRACT The DNA computation was in 1994 proposed by Adleman who is a doctor of the University of Southern California. His development founded for the scientific domain carried on the computation with the molecular biological technology, which became a revolutionary milestone in the humanity scientific history. In these short several years, we have already obtained so many rousing results about the DNA computation research. On international .It has already raised one DNA computation the upsurge . This article first introduces the foundation knowledge that DN