[南京农业大学][生物信息课件]4生物信息学资源1PPT.ppt

基因组数据库的发展历史 1988年一次三方会议之后（现在称之为“国际DNA序列数据库合作计划”）达成协议，对数据库的记录采用共同的格式 现在三个中心都收集直接提交的数据，并在三者之间发布。 三大基因数据库 GenbankGenbank库包含了所有已知的核酸序列和蛋白质序列，以及与它们相关的文献著作和生物学注释。它是由美国国立生物技术信息中心(NCBI)建立和维护的。NCBI的网址是：。 EMBL核酸序列数据库由欧洲生物信息学研究所(EBI)维护的核酸序列数据构成，查询检索可以通过通过因特网上的序列提取系统(SRS)服务完成。数据库网址是：http://www.ebi.ac.uk/embl/。 DDBJ数据库日本DNA数据仓库(DDBJ)也是一个全面的核酸序列数据库，与Genbank和EMBL核酸库合作交换数据。使用其主页上提供的SRS工具进行数据检索和序列分析。DDBJ的网址是：http://www.ddbj.nig.ac.jp/。 GenBank Public free Available via Internet EMBL Data Library DDBJ (DNA Data Bank of Japan) 三大基因数据库之间的关系 / http://www.ddbj.nig.ac.jp/searches-e.html http://www.ebi.ac.uk/embl/ 美国的核酸数据库GenBank〖Banson,D.A. et al. (1998) Nucleic Acids Res. 26, 1-7〗从1979年开始建设，1982年正式运行； 欧洲分子生物学实验室的EMBL数据库也于1982年开始服务 日本于1984年开始建立国家级的核酸数据库DDBJ，并于1987年正式服务。 / http://www.ddbj.nig.ac.jp/searches-e.html http://www.ebi.ac.uk/embl/ GenBank/ 提纲: 模式生物测序 3大核酸数据库 蛋白质数据库 蛋白质数据库 主要的数据库资源 核酸序列数据库主要有GenBank, EMBL, DDBJ等. 蛋白质序列数据库主要有SWISS-PROT, PIR, TrEMBL等， 蛋白结构数据库有PDB, MMDB等， 与基因组有关的数据库还有dbEST, OMIM等， 60年代“蛋白质信息资源”(Protein Information Resource，简称PIR)雏形产生 1984年，“蛋白质信息资源”(Protein Information Resource，简称PIR)计划正式启动，蛋白质序列数据库PIR也因此而诞生。 1988年，美国的NBRF、日本的国际蛋白质信息数据库JIPID和德国的慕尼黑蛋白质序列信息中心MIPS合作成立了国际蛋白质信息中心(PIR-International)，共同收集和维护蛋白质序列数据库PIR。 除了PIR外，另一个重要的蛋白质序列数据库则是SwissProt。 该数据库由瑞士日内瓦大学于1986年创建，目前由瑞士生物信息学研究所和欧洲生物信息学研究所 EBI共同维护和管理。 生物信息学 Bioinformatics 复习: 细胞 蛋白质 核酸 第二章 生物信息学的生物学基础 Questions: 1. 蛋白质二级结构有哪些？ 2. 真核生物的启动子有什么作用？ 3. TSS,外显子和内含子的概念。 4. 如何判断起始密码子和终止密码子？内含子？ 5. 基因表达调节有哪些？ 请画出示意图: 1. 中心法则 2. 真核生物基因的一般结构 核酸 中心法则 复制 DNA 转录 逆转录 复制 RNA 蛋白质 翻译 调控 编号 名称 第一章 生物信息学引论 第二章 生物信息学的生物学基础 第三章 生物信息学数据库资源 第四章 DNA和蛋白质序列分析 第五章 系统发生分析 第六章 基因表达数据分析 第七章 其他常用生物信息学工具 第八章 电子克隆的原理和应用 第九章 基本生物信息学工具的开发与应用 第三章 生物信息学数据库资源 提纲: 模式生物测序 3大核酸数据库 蛋白质数据库 提纲: 模式生物测序 3大核酸数据库 蛋白质数据库 human Arabidopsis Thermotoga maritima Escherichia coli Buchnerasp. APS Rickettsia prowazekii U