《2遗传图绘制》PPT课件.ppt

第2章 遗传图的绘制;结构基因组的研究策略;为何要绘制遗传图与物理图;DNA测序有一个极大的局限性：即使是最精确的技术，在一个反应中也很难测出大于750bp的序列。这就需要将大分子分解为片段。 ;问题：分析基因组的重复区域时会发生错误。; 因此，必须首先建立一个基因组的图谱，通过 标明基因和其他显著特征的位置，为测序提供指导。 一旦得到了基因组的图谱，测序阶段可以采用以下 方法进行： 全基因组鸟枪法（whole-genome shotgun method） 全基因组鸟枪法是一种快速获得真核基因组的方法。 2. 克隆重叠群法（clone contig method）：（作图法测序，限制测序）。 这种逐步测序的方法花时间多，但精确。;全基因组鸟枪法测序和克隆重叠群法测序最后 都必须将DNA序列回归到基因组图上，因此 基因组图的绘制是基因组测序和组装的核心内容 之一，是基因组全面测序的必要前提。 传统上将基因组作图方法分为两类。 1. 遗传作图 2. 物理作图;2.1 遗传图谱与物理图谱;2.1 基因组作图的方法;2.2 遗传作图标记;2.2.1 基因标记 在经典遗传学中，研究一种性状的遗传必须要求同一性状至少2种不同的存在形式或称表型。 起初只有那些能通过视觉区分的基因表型用于研究。最初的遗传图谱是在20世纪初针对果蝇等生物使用基因作为标记构建的。 ;2.2.1 基因标记;2.2.1 基因标记;;基因是非常有用的标记，但并不是理想的。原因： 可用作标记的基因十分有限，许多性状都涉及 多基因。 2. 高等生物基因组中存在大量的基因间隔区，遗 传图中留下大片的无标记区段。 3. 只有部分基因其等位基因成员可以通过常规实 验予以区分，因而产生的遗传图是不完整的。; 基因之外的作图工具统称为DNA标记。与基因标记一样，DNA标记必须有至少两个等位基因才是有用的。有三种类型的DNA序列特征可以满足这一要求： 限制性片段长度多态性（restriction fragment length polymorphisms, RFLP） 2. 简单序列长度多态性（simple sequence length polymorphisms, SSLP） 3. 单核苷酸多态性（single nucleotide polymorphisms, SNP） ;遗传标记的发展： 第一代标记 经典的遗传标记（蛋白质和免疫学的标记） 70年代中后期，限制酶片段长度多态性（RFLP） 第二代标记 85年，“小卫星序列（minisatellite） 89年，“微卫星序列（microsatellite） 第三代标记 单核苷酸多态性标记（single nucleotide polymorphism ，SNP） ;70年代发展起来的DNA重组技术、DNA克隆技术和DNA探针技术 为拓展遗传图谱的构建途径创造了技术条件 使人类基因定位的方法从细胞及染色体水平过渡到分子水平 DNA水平的多态性标记位点作为绘制现代遗传图谱的主要界标，提高图谱的 精确度、准确性。遗传图谱的绘制进入了一个崭新的时代  现代遗传图谱的概念由Botstein D等(1980)首先提出，在此基础上，限制性片段长度多态性（RFLP）作为遗传图谱的第一代崭新标记得以问世 。 限制性位点能够用作基因标记。广泛应用到基因组研究中。基因或基因组可以用重叠的限制性片段来作图。最终扩展到整个序列，构建连锁图谱;同一物种的亚种、品系或个体间基因组DNA 受到同一种限制性内切酶作用而形成不同的酶切图谱的现象，称为限制性片段长度多态性（RFLP)。 这是由于基因组DNA某一位点上的变异有可能引起该位点特异性的限制性内切酶识别位点的改变，包括原有位点的消失或出现新的酶切位点，致使酶切片段长度随之发生变化而产生。;最早发现的DNA分子标记—RFLP：由于同源染色体同一区段DNA序列的差异，当用限制酶处理时，可产生长度不同的限制性片段;RFLP是如何发现的?;David Botstein ;第1篇有关人类RFLP实验论文;对RFLP的检测主要是用Southern杂交的方法进行 基本流程： 组织或细胞→基因组DNA→限制性内切酶消化→琼脂糖凝胶电泳→印迹转移至滤膜→加入探针→杂交→洗膜→放射自显影→获得反映个体特异性的RFLP图谱。; RFLP多态性的产生与检测;所用的探针位于染色体的不同位点，可以作为一种分子标记，构建分子图谱。;RFLP标记的主要特点是： （1）遍布于整个基因组； （2）无表型效应,不受发育阶段及器官特异性限制 （3）共显性，可区分纯合子和杂合子； （4）结果稳定、可靠； 用途：