第19章 遗传信息传递的整体性(段秋红)PPT.ppt

第十九章 ; 第一节 基因组学 Genomics ;一、基因组就是一种生物拥有的所有遗传信息的总合;二、基因组学包括结构基因组学、功能基因组学和比较基因组学;三、结构基因组学的主要任务是基因组作图和大规模测序; 遗传作图（genetic mapping）: 就是确定连锁的遗传标志位点在一条染色体上的排列顺序及它们之间的相对遗传距离，用厘摩尔根（centi-Morgan，cM）表示，当两个遗传标记之间的重组值为1%时，图距即为1 cM。;* DNA标记;①限制性片段长度多态性（RFLP）： 利用特定的限制性内切酶识别并切割基因组DNA，得到大小不等的DNA片段，所产生的DNA数目和各个片段的长度反映了DNA分子上不同酶切位点的分布情况。;②可变数目串联重复序列（VNTR）： 又称微卫星DNA（minisatellite DNA），是一种重复DNA短序列。VNTR基本原理与RFLP大致相同，通过限制性内切酶的酶切和DNA探针杂交，可一次性检测到众多微卫星位点，得到个体特异性的DNA指纹图谱。;③单核苷酸多态性（SNP）： SNP不以“长度”的差异作为检测手段，而是直接以序列的变异作为标记。SNP是指在基因组水平上由单个核苷酸变异所造成的DNA序列多态性。SNP是人类可遗传的变异中最常见的一种，也是基因组中最为稳定的变异。SNP最大限度地代表了不同个体之间的遗传差异，因而成为研究多基因疾病、药物遗传学及人类进化的重要遗传标记。; 物理作图（physical mapping）是在遗传作图基础上制作的更详细的人类基因组图谱。包括： 荧光原位杂交图（FISH map） 限制性酶切图（restriction map） 连续克隆系图（clone contig map）;①荧光原位杂交图（fluorescent in situ hybridization map，FISH map）：将荧光标记的探针与染色体杂交确定分子标记所在的位置。 ②限制性酶切图（restriction map）：将限制性酶切位点标定在DNA分子的相对位置。;③连续克隆系图（clone contig map）： 采用酶切位点稀有的限制性内切酶或高频超声破碎技术将DNA分解成大片段后，再通过构建酵母人工染色体（yeast artificial chromosome，YAC）或细菌人工染色体（bacterial artificial chromosome，BAC）获取含已知基因组序列标签位点（sequence tagged site，STS）的DNA大片段。;* STS（sequence tagged site，基因组序列标签位点）：是指染色体定位明确，并且可用PCR扩增的单拷贝序列，每隔100 kb距离就有一个标志。在STS基础上构建能够覆盖每条染色体的大片段DNA连续克隆系就可绘制精细物理图谱，为大规模DNA测序做好了准备。;（二）通过BAC克隆系、鸟枪法等完成大规模DNA测序;2．鸟枪法是大规模DNA测序的重要方法;鸟枪法DNA测序的主要步骤：;;3．高通量测序技术大大加快了基因组DNA测序的进行;（三）生物信息学是预测基因组结构和功能的重要手段;四、功能基因组学系统探讨基因的活动规律;（一）通过全基因组扫描鉴定DNA序列中的基因??;同源基因：在进化过程来自共同的祖先的基因，通过核苷酸或氨基酸序列的同源性比较，可以推测基因组内相似基因的功能。 有效工具：NCBI的序列局部相似性查询（Basic Local Alignment Search，BLAST）程序。 操作流程：GenBank中查找基因序列访问号码（accession number），在BLAST界面上输入2条或多条访问号码，就可实现两两或多对序列的比对。;（三）通过实验设计验证基因功能?;（四）通过转录组和蛋白质组描述基因表达模式;第二节 转录组学 Transcriptomics;一、转录组学研究全部RNA的表达及功能;转录组学（transcriptomics）：是在整体水平上研究细胞编码基因转录情况及转录调控规律的科学。 转录组的特点：受到内外多种因素的调节，因而是动态可变的。能够揭示不同物种、不同个体、不同细胞、不同发育阶段及不同生理病理状态下的基因差异表达信息。;二、转录组学的核心工作是分析基因表达谱;（二）SAGE和MPSS分析可鉴定未知/新基因表达信息 ;（三）推断未知基因功能，探索生命机制;三、芯片、SAGE和MPSS是转录组学研究主要技术;（一）微阵列是大规模基因组表达谱研究的主要技术;微阵列技术的基本步骤;（二）SAGE在转录物水平研究细胞或组