二代测序技术在血液系统疾病中的应用浅谈PPT课件.pptxVIP

1 二代测序技术在血液系统疾病中的应用 2 Sequencing the Human Genome Year price 2010 10 8 6 4 2 Trends in Sequencing Technology 2015 三代测序技术 Trends in Sequencing Technology 1代测序——Sanger Sequencing 利用DNA聚合酶和双脱氧链终止测定DNA核苷酸序列的方法。 英国剑桥分子生物学实验室的生物化学家 Fred Sanger及其同事在1997年发明的。 4 优点 片段长度(~900bps) 适用于小片段 缺点 低通量 费用高、耗时长 Trends in Sequencing Technology 二代测序，高通量测序（Next Generation Sequencing 、High-throughput Sequencing 、Deep Sequencing）:一次性对几百万到十亿条DNA分子进行并行测序，从而可对一个物种的转录组和基因组进行深入、细致、全貌的分析。 目前主要有Life Tech的SOLiD系列、Ion Torrent PGM和Ion Torrent Proton；Illumina的HiSeq和MiSeq序列；罗氏公司的Roche/454 GS FLX和Junior。 Trends in Sequencing Technology 2代测序——Next Generation Sequencing (NGS) 5 通量高 准确度高 分辨率高 成本下降 Trends in Sequencing Technology 9 三代技术对比 阅读长度 Read length 测序技术 Sequencing Technology 输出数据 Throughput (per run) 费用 Cost (1mbp)* Sanger ~800bp Sanger 400kbp 500$ 454 ~400bp Polony 500Mbp 60$ Solexa 75bp Polony 20Gbp 2$ SOLiD 75bp Polony 60Gbp 2$ Helicos 30-35bp Single molecule 25Gbp 1$ *Source: Shendure Ji, Nat Biotech, 2008 基于NGS肿瘤研究思路 DNA水平 全基因组重测序 （Whole genome sequencing） 外显子组测序 （Whole exome sequencing） RNA水平 转录组测序（Transcriptome sequencing） 数字表达谱测序（Digital expression profiling） 小RNA测序（Small RNA sequencing） 长链非编码RNA测序（Long chain non coding R NAsequencing） 表观遗传水平 免疫共沉淀技术(Chromatin Immunoprecipitation，ChIP) 全基因组甲基化测序（Whole genome methylation sequencing） 简化甲基化测序（Simplified methylation sequencing） NGS几种方法 全基因组测序 全基因组范围 外显子组测序 1-2%基因组序列 转录组测序 数字表达谱测序 小RNA测序 长链非编码RNA测序 免疫共沉淀测序 甲基化测序 20 NGS在血液系统疾病中的临床应用 全基因组测序 （全基因组 ~3 Billion bp） 全外显子测序 （~30M bp） 测序限于基因组〜1％的蛋白质编码区 基因突变 髓系 Myeloid AML预后指标 – FLT3, NPM1, CEBPA, ASXL1, IDH1/2 骨髓增生异常综合征 (MDS) – 凝集素及剪切基因经常发生突变 骨髓增生性肿瘤 (MPNs) – JAK2, CALR, MPL, ASXL1 泛白血病基因 淋系 Lymphoid 弥漫性大B细胞淋巴瘤(BCR 信号通路突变) 淋巴细胞增殖性疾病(JAK-STAT 信号通路突变) 泛淋巴瘤基因 检测复杂的基因组异常 - 拷贝数变异（CNV）和易位 先天性疾病 - 骨髓衰竭综合征，先天性溶血性贫血 高度复杂的单基因分析 例如：淋巴细胞克隆性和IGH或TRG / TRB基因 NGS在血液系统疾病的中临床应用路径 AML MDS ALL MPN APL CML 患者 化疗 靶向治疗 免疫治疗 HSCT 巩固治疗 诊断 危险度分层 微小残留病检测 （MRD) 诊断 危险度分层 微小残留病检测 （MRD)