第6章-代谢控制分析.pptVIP

Chapter 6 Enzyme Kinetics Metabolic Control Analysis 代谢通量分析可以找到需要优化的途径（通量），而如何快速有效地实现对目的途径（通量）的优化呢？ 需要知道途径中各单个反应速率变化对目标通量的影响程度，显然改造那些具有较大影响程度的反应的效果最好。 Enzyme kinetics Metabolic Control Analysis （1）米氏方程的推导 快速平衡假设 (5) Substrate inhibition enzyme kinetics 变构酶的特点 （1） 基本概念与定理 通量J 反应速率r 稳态时，一条途径的J等于这条途径中任何一步反应的r 线性途径中最好的情况是：某步反应速率r提高a%, 达到新的稳态后，这条途径的其它所有反应速率r均提高a%，从而流经该反应的通量也提高a% 最差的情况是：某步反应速率r提高a%, 达到新的稳态时，其它所有反应速率均不变化，该步反应速率恢复到原水平，流经该反应的通量不能提高。 更一般的情况是：某步反应速率r提高a%, 达到新的稳态时，其它所有反应速率均提高了b%，该步反应速率从提高a%降至提高b%，流经该反应的通量提高b% 。 通量控制系数（Flux control coefficients) 如何对这种影响程度实行量化？ 通量控制系数（FCCs) 由代谢途径中一个酶活的无穷小变化所引起的通量的相对变化与该酶活的相对变化之比。 通量控制系数的加和定理summation theorem 在线性途径中酶促反应的通量控制系数的和为1 ： 浓度控制系数Concentration-control Coefficients 同样地，途径中某个酶活的变化也会影响到胞内代谢物的浓度，这种影响程度用浓度控制系数来量化： 浓度控制系数Concentration-control Coefficients 弹性系数 Elasticity cofficients 同样地，代谢物浓度的变化对途径中的某些反应速率也有影响，这种影响程度用弹性系数来描述： 代谢物j对于第i个酶的弹性系数可定义为： A particularly useful and important feature of MCA is that it can relate the kinetic properties of the individual reactions (local properties) with (global) properties of the whole intact pathway. This is done through the connectivity theorems that relate the control coefficients and the elasticity coefficients of steps with common intermediate metabolites 通量－控制的连接定理Flux-control connectivity theorem 浓度－控制的连接定理Concentration-control connectivity theorem 此时I为单位阵（维数I×I）。对于非奇异阵E，控制系数为： 例6－4 代谢控制分析举例 中间产物s3浓度的增加将阻碍第二步反应（s1转化为s2）因此增加处于反馈控制的酶E2的浓度的方法并不是提高通量的最佳方法 假设构建一个新菌株，该菌株拥有一与E2相似的酶但是弹性系数不同。第二步酶促反应的弹性系数为： s3的反馈抑制减小并且 变小。具有细微差别E2的生产菌株代替了原始菌株，控制系数矩阵变为： 上面的讨论没有包括操作条件对细胞特性的影响，需要注意的是通量控制系数可能随着操作条件的变化发生巨大变化 当对具有大的通量控制系数的反应（酶）进行操作后，通量控制系数的值大小变得差不多，但是这并不一定表明经由途径的通量要比原始菌株的通量高很多。进一步改进需要继续增加途径中所有酶的剂量 当知道s、p及动力学方程时，可通过计算得到所有胞内代谢物浓度。并计算出弹性系数（si的复杂函数），最后求出控制系数矩阵C(包括通量控制和浓度控制系数） 在对酶进行修饰前（动力学参数的改变）必须最优化当前反应网络：通过模拟在不同s及p值下的通量实现通量最大化。 胞内代谢物浓度的变化较小的原则 （2） FCCs的确定方法 直接法：通过对通量和酶活的测量来直接确定控制系数的值，活力的变化很小但并不是无穷小 间接法：确定弹性系数的值，随后通过 MCA定理