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[翻译官全文阅读]六框阅读翻译DNA序列 篇一 : 六框阅读翻译DNA序列 六框阅读翻译DNA序列 usestrict; usewarnings; my$dna=‘‘; my$protein=‘‘; my@file_data=; my@filedata; my$revcom=‘‘; #打开文件 @filedata=get_file_data; #得到序列 $dna=extract_sequence_from_fasta_data; #六框阅读翻译 print”\n---------------------ReadingFrame1-----------------\n”; $protein=translate_frame; print_sequence; print”\n---------------------ReadingFrame2-----------------\n”; $protein=translate_frame; print_sequence; print”\n---------------------ReadingFrame3-----------------\n”; $protein=translate_frame; print_sequence; print”\n---------------------ReadingFrame4-----------------\n”; $protein=translate_frame; print_sequence; print”\n---------------------ReadingFrame5-----------------\n”; $protein=translate_frame; print_sequence; print”\n---------------------ReadingFrame6-----------------\n”; $protein=translate_frame; print_sequence; subget_file_data { #Asubroutinetogetdatafromafilegivenitsfilename #读取文件的子序列 my$dna_filename; my@filedata; print”pleaseinputthePathjustlikethisf:\\\\perl\\\\data.txt\n”; chomp; open||die; @filedata=; closeDNAFILENAME; return@filedata;#子函数的返回值一定要记住写 } subextract_sequence_from_fasta_data { #******************************************************************* #AsubroutinetoextractFASTAsequencedatafromanarray #得到其中的序列 #fasta格式介绍： #包括三个部分 #1.第一行中以开头的注释行，后面是名称和序列的来源 #2.标准单字母符号的序列 #3.*表示结尾 #******************************************************************* my=@_; my$sequence=‘‘; foreachmy$line { #这里忽略空白行 if { next; } #忽略注释行 elsif { next; } #忽略fasta的第一行 elsif { next; } else { $sequence.=$line; } } $sequence=~s/\s//g; return$sequence; } subprint_sequence { #Asubroutinetoformatandprintsequencedata my=@_; for;$pos+=$length) { printsubstr,”\n”; } } subcodon2aa { #第三种方法 #也就是运用哈希 #我们将所有的密码子作为hash的key，然后将代表的氨基酸作为hash的value #然后进行匹配 #codon2aa #AsubroutinetotranslateaDNA3-charactercodontoanaminoacid #Version3,usinghashlookup my=@_; $codon=uc$codon;#uc=uppercase;lc=lowercase #也就是大小写转换，uc表示将所有的小写转换为大写 #lc将所有的大写转换为小写 my=; if { return$genetic