常用分子生物学软件讲解课件_1.ppt

Seqverter 1.3 使用简单，填写输入文件和输出文件名就可以完成格式转换。而且能够转换的格式非常之多是其它软件所无法比拟的。另外，它可在线升级以读写更多格式文件。 11、 电泳图谱分析 推荐软件：band leader 3.0 提供处理DNA或蛋白分子凝胶电泳图象和从凝胶电泳图象获得相关数据的工具。它可以对电泳图谱进行半定量分析，识别扫描得到的WINDOWS图象格式 .BMP，是一个难得的好软件。 三、 实验结果输出阶段 1、?? 生成出版质量的图片Pov-Ray for Windows 3.1 相当于一种语言，它可以修改pov格式文件，用户还可以自己设定光源、摄像机、材质、阴影等因素，把生物分子的表面用材质填充；并根据光源、摄像机得到生物大分子的三维图。分辨率最大可达1280*1024。同类软件：molmol 2.5.1该软件能将pdb等格式的蛋白文件通过转换，存成普通的图形文件。 向数据库递交序列的 Sequin 2.90 向数据库递交序列 Sequin 2.90能向GenBank、EMBL、DDBJ三大核酸序列库递交序列。可以不用仔细考虑各数据库文件的具体格式，以问答填表格的形式，将需递交的序列和相关资料填好。可以在线直接发送，也可以生成相应格式文件，以e-mail形式发送。 Digest DIGEST 能够扫描DNA序列并查找限制性内切酶位点.它支持使用者限定搜索特定的酶,如果此酶在限制性酶切酶库文件WISCONSI.920中,它会列出酶切位置并对酶切片段按长度排序.它使用Don Gilbert的读序模块UREADSEQ,所以读出大部分的序列文件格式。 PCMolecule PCMolecule 是观察三维分子结构的软件，能够观察以.mcm格式保存的三维分子。 Pcrare PC-Rare是应用八聚体频率出现的不一致性的方法（OFD）来设计PCR的引物，此程序简单而有效。 Redsoft Plasmid Redasoft Plasmid 的设计是用来帮助生命科学家快速而轻松地绘制专业级质量的质粒载体图，Redasoft Plasmid 主要的性能包括：快速和轻松地生成一个清晰，色彩鲜明的环行或线性的载体图。自动识别和解析序列文件。新增的web浏览功能允许你链接到数据库站点，并支持下载和自动将序列文件转换成载体图。强大的限制性内切酶分析功能和拥有将近1000种来自REBASE的限制性内切酶。 Redasoft Plasmid 片段的删除和插入完全模拟克隆实验并和其他图形兼容。所看即所得 (What You See Is What You Get)的编辑环境使得你的打印结果和你在屏幕上看到的保持一致。自动标记各种区段的碱基位置以避免重叠。可选择的图形比例尺使几个构造图间很容易比较。允许质粒图拷贝到剪贴板并粘贴到其他Windows应用程序。可以用e-mail的方式传递载体图。 TreeView Tree View是用来生成与打印进化树的软件，它可以读取NEXUS与PHYLIP生成的进化树格式文件，生成进化树,并输出到打印机。 * * 分子生物学软件介绍 一、实验准备阶段 一般要查一些与实验相关的文献,以便对自己所要做课题的最新进展有一个基本的了解，从而确定自己的实验策略。较常使用软件：Reference Manager 9.0 Reference Manager 9.0 可以在线通过查找关键词搜索PubMed和609个Z39.50数据库中的专业资料,同时保存查找的资料为本地文件。 资料内容和记录分上下两个屏幕，如有全文或想连接网络时敲键盘就可到相应的全文文章和摘要。可以直接在WORD中查找资料，并插入引用。在文章中对引用的文献可以格式化，引用的参考资料格式有很强的用户自定义功能，可以符合各种杂志对引用格式的要求，引用时不用多窗口切换。 2. Endnote 3.1.2  是一个在线专业资料查找系统,可以保存查找资料,并在文章中对引用格式化. 二、 实验实施阶段  随着实验的进行，就必须对实验过程中的DNA、RNA和蛋白质的信息进行各种处理，包括限制酶分析、引物设计、同源序列比较、质粒作图、结构域(motif)查找、RNA二级结构预测、蛋白二级结构分析、三维结构显示等方面的内容。 1、 综合软件Omiga 2.0 Omiga作为强大的蛋白质、核酸分析软件，它还兼有引物设计的功能。主要功能：编辑、浏览、蛋白质或核酸序列，分析序列组成。 用Clustal. W进行同源序列比较，发现同源区。 查找核酸限制性酶切位点、基元（Motif）及开放阅读框（ORF），设计并评估PCR、测序引物。 查找蛋白质解蛋白位点（Proteolytic Si