实习6-系统生物软件实习.pptVIP

* 比如我们所要研究的基因为PTEN（Phosphatase and Tensin homolog 癌症相关基因），在网页的Search提示框中输入“PTEN”，点击“GO”开始检索和PTEN相关的相互作用的网络文件。 * 页面中显示和PTEN发生相互作用的分子信息，点击输出格式，把检索结果转换成XGMML（Cytoscape）格式，以PTEN.xml文件形式输出，存放在Cytoscap的sampleData文件夹中。 * 回到Cytoscape软件界面，在文件菜单中选择打开PTEN.xml文件。 得到的这个网络和前面的网络不同，这个互作网络是建立在现有的科研基础上的，节点间的互作关系是有文献依据的。 * 既然我们得到了一个网络模型，我们就可以使用这个模型对我们感兴趣的生物过程进行分析了。 * 这是一个经典的细胞运动模型 1、细胞外信号和细胞膜上受体结合并激活G蛋白 2、G蛋白使PI3K转移到膜上，同时Pten从膜上转移到细胞内，这一过程使局部范围内PIP3的浓度急剧增加 3、PIP3通过GEFS激活下游的RAC基因 4、激活的RAC基因可以控制细胞骨架的重新调整，从而使细胞定向运动 PI3K、PTEN和Rac三个基因在这一过程中起到了重要作用 * 首先，利用文献检索插件，输入PI3K、PTEN和Rac为关键词，检索内容为“Migration”。 * 为了更好地显示PI3K、PTEN和Rac3个基因之间的联系，通过LayoutyFiles LayoutsOrganic更改了显示方式，并拖动节点自行调节。 文献表明，pi3k与pten是rac1的上游调控基因。如果前面的信号传导途径是完全正确的话，那么敲除这两个基因，细胞就不会做定向运动，但是研究人员发现，敲掉一个甚至两个基因之后，细胞仍可以做一定的定向运动，为什么呢？我们在敲除两个基因的基础上，继续实验 * 打开sampleData文件夹中pi3kptenrac.pvals文件，并按前述方法调整基因表达颜色设置，即可发现在PI3K和PTEN双基因敲除细胞株中, rac1并未出现预期的低表达状态。 * 再利用Agilent Literature Search插件构建和rac1细胞运动相关的网络结构 这一次我们把搜索范围扩大，加入和RAC等水平的基因（等水平：作用水平相等，也是控制运动的） * 增加了新的节点，其中可以发现更多和rac1直接相互作用的分子（红色圈框所示） * 利用Apps菜单中的整合网络（Merge networks）命令把两个检索到的网络进行合并，选中两个对应的网络文件，点击OK即可合并。 * 合并后在新形成的网络文件中，可以看到在细胞运动中，还有更多的分子和rac1发生相互作用，证明了在PI3K以外还有一条独立的信号转导途径（Dock180介导的PI3K independent信号途径）。 * Dock180介导的PI3K independent信号途径。 用来验证前面说法，借用的例子 * * * 文件输入后就看到网络文件，方框表示一个生物网络节点，黑线代表节点之间的互作关系，每个节点都可以拖曳，可以更清晰地表现节点之间的互作。点击任一方框后，该方框会变成黄色。也可以在搜索框中输入需要查看的节点ID，或从属性面板的Node Table中选择节点 * 点击红色方框的按钮，会更换网络图的展示方式，这里默认的是“Prefuse Force Directed Layout”。也可以通过Layout—Settings进行设置 * Cytoscape还可以用来整合表达数据库，只需要将相应的表达文件导入即可。 打开File下拉菜单，进入Import选择选项Table选项File从本地选择文件文件。 * * 还可以 * * 前面我们已经介绍了Cytoscape基本的网络功能，下面我们介绍一下它强大的插件功能。 正确地安装和使用插件对全面了解和充分发挥Cytoscape的功能非常重要。 * * Cytoscape的插件还可以通过菜单栏中的Apps → App Manager进行安装，具体安装方法有三种： 1、如果你知道某个App名字，可以直接在search框中输入名字，即可在中间窗口中出现该App或描述类似的App，然后通过选择进行安装。 2、如果对需要查找的App有个大概的了解的话，可以双击apps by tag，然后选择一个你感兴趣的标记，最后带有这个标记的App会列举在中间窗口。 3、如果不知道所需要的App，可以点击all apps，所有App都会列在中间窗口。 如果已经在电脑上下载了App，则可以通过点击Install from File进行安装。 如果在中间窗口选择一个App，对应在右边的窗口会给出简短的App功能描述‘如果想了解更详细的App功能的话，