成体舌形贝(Lingula Bruguire)MicroRNA表达检测与分析.docVIP

成体舌形贝(Lingula Bruguire)MicroRNA表达检测与分析 　　【摘要】腕足动物门（Brachiopoda）是最古老的Body plan之一，最早发现于早寒武世，繁盛于志留、泥盆二纪，其后延续至今[1-3]。多数腕足动物类群现已灭绝，舌形贝（Lingula Bruguire）是仅存的现生腕足动物之一。本文在Halanych等最新腕足动物分类标准的大前提下[3]，以Lingula Bruguire为研究对象，通过microRNA谱的特征分析[4]，探索原口动物与后口动物共同祖先（Protostome-deuterostome ancestor， PDA）的microRNA祖征（Plesiomorphy）状态[5]。本研究中，我们首先提取成体Lingula Bruguire的总RNA，然后以标准方法特异性提取其中的总MicroRNA，运用东南大学自主研发的AG-100高通量测序平台和ABI Solid 3.0测序系统，检测成体Lingula Bruguire的microRNA表达状态。在此基础之上，运用现代生物信息学手段，结合MiRBase现有数据，逐级分析现生触手冠类群（Lophophorata）、冠轮动物（Lophotrochozoa）和所有两侧对称动物（Bilateria）的microRNA分布关系，推测出PDA基因组可能拥有let-7、miR-10、miR-133、miR-184和miR-92等5个microRNA，为研究microRNA在真后生动物（Eumetazoa）亿万年演化历程中的相关变化提供研究基础。 　　【关键词】舌形贝；microRNA；腕足动物门；早寒武世；演化生物学 　　介绍 　　舌形贝（Lingula Bruguire）类，俗名海豆芽，最早出现于早寒武世[1]，属腕足动物门（Brachiopoda）/舌形贝型亚门（Linguliformea）/舌形贝纲（Lingulata）/舌形贝目（Linguilida）/舌形贝超科（Linguloidea）/舌形贝科（Lingulidae）[6，7]。其壳由几丁质组成，常见于热带及亚热带的浅海近滩。现生舌形贝类与相关化石属比较，形态变化甚微，是现生真后生动物次亚界中最古老、形态变化最小的物种之一。 　　图1为现生舌形贝类与相关化石属的形态比较，图中可看出，二者形态结构差异甚微，表明5亿多年的演化历程并没有对舌形贝类的形态结构造成较大影响。由于触手冠类群在形态结构和胚胎发育等方面，同时具有原口动物和后口动物两方面特征，其分类地位至今仍存较大争论[2， 3]。触手冠类群的分类大致有以下四种观点：1、由于触手冠类群大多具有其独特的滤食器官—轮器（Lophophoral organ）[8.10]，在物种分类上被认为是有别于冠轮???物，而独立成支[8.9]；2、因触手冠类群与后口动物具有一些相似的胚胎发育共性（如三体腔结构等），故归于后口类群[13.14]；3、鉴于触手冠类群兼有原口和后口动物的混合发育特征[8.11]，有些学者主张把触手冠类群单独划分为一个独立于原口和后口动物之外的类群[2]；4、基于不完整18s DNA序列的单基因系统发生（Phylogeny）分析，将触手冠类群划入原口动物[12]。为解决上述分类争议，Halanych等利用完整的18s DNA序列重新解读了相关门类的演化关系，把触手冠类群重新鉴定为一个完整的超门类群，与担轮动物（Trochozoa）共同构成更高一级分类的冠轮类群（Lophotrochozoa），冠轮动物与蜕皮动物（Ecdysozoa）共同组成真后生动物次亚界（Eumetazoa）的最大分支——原口动物类群（Protostomia）[9]。在此基础之上，原口动物与后口动物（Deuterostomia）及扁虫动物总门（Platyzoa）共同构成两侧对称动物[15-16]。综合分析现有触手冠类群分类格局，本文以Halanych等的分类观点为研究背景，以舌形贝类为研究对象，从microRNA角度出发[4]探索Brachiopoda与其它Body plan之间的演化关系[5]。本研究中，我们首先提取成体Lingula Bruguire的总RNA，然后以标准方法（mirVana? RNA Isolation Kit）特异性提取其中的MicroRNA，运用高通量测序平台和现代生物信息先进分析手段，检测成体Lingula Bruguire的microRNA表达状态，结合MiRBase现有数据，鉴定触手冠类群（Lophophorata）、冠轮动物（Lophotrochozoa）及原始两侧对称动物（Bilateria）的microRNA分布类型，研究microRNA在真后生动物次亚界（Eumetazoa）演化历程中的相关变化。