第13章 核酸结构.ppt

DNA双螺旋结构的特点 DNA分子由两条DNA单链组成。 DNA的双螺旋结构是分子中两条DNA单链之间基团相互识别和作用的结果。 双螺旋结构是DNA二级结构的最基本形式。 DNA双螺旋结构的要点 （1）DNA分子由两条多聚脱氧核糖核苷酸链(简称DNA单链)组成。两条链沿着同一根轴平行盘绕，形成右手双螺旋结构。螺旋中的两条链方向相反，即其中一条链的方向为5′端→3′端，而另一条链的方向为3′端→5′端。 （2）嘌呤和嘧啶碱基位于螺旋的内侧，磷酸和脱氧核糖基位于螺旋外侧。碱基环平面与螺旋轴垂直，糖基环平面与碱基环平面成90°角。 （3）螺旋横截面的直径约为2nm，每条链相邻两个碱基平面之间的距离为0.34 nm，每10个核苷酸形成一个螺旋，其螺矩（即螺旋旋转一圈的高度）为3.4 nm。 （4）维持两条DNA链相互结合的力是链间碱基对形成的氢键。碱基结合具有严格的配对规律:A与T结合，G与C结合，这种配对关系，称为碱基互补。A和T之间形成两个氢键，G与C之间形成三个氢键。 在DNA分子中，嘌呤碱基的总数与嘧啶碱基的总数相等。 DNA双螺旋的稳定性 DNA双螺旋结构在生理条件下很稳定。 维持这种稳定性的因素包括：两条DNA链之间形成的氢键，碱基堆积力。 双螺旋结构内部形成的疏水区，消除了介质中水分子对碱基之间氢键的影响； 介质中的阳离子（如Na+、K+和Mg2+）中和了磷酸基团的负电荷，降低了DNA链之间的排斥力等。 改变介质条件和环境温度，将影响双螺旋的稳定性。 DNA的存在形式 （三）DNA的功能 RNA的结构特点 RNA是单链分子，因此在RNA分子中，嘌呤的总数不一定等于嘧啶的总数。 RNA分子中，部分区域也能形成双螺旋结构，不能形成双螺旋的部分，则形成单链突环。这种结构称为“发夹型”结构。 在RNA的双螺旋结构中，碱基的配对情况不象DNA中严格。G 除了可以和C 配对外，也可以和U 配对。G-U 配对形成的氢键较弱。不同类型的RNA, 其二级结构有明显的差异。 tRNA中除了常见的碱基外，还存在一些稀有碱基，这类碱基大部分位于突环部分. （二）tRNA的结构与功能 * tRNA的一级结构特点 含 10~20% 稀有碱基，如 DHU 3′末端为 - CCA-OH 5′末端大多数为G 具有 T?C 三、DNA的三级结构 （一）正螺旋和负螺旋 负超螺旋-右旋；正超螺旋-左旋。 大多数原核生物 ： 1）共价封闭的环状双螺旋分子 2）超螺旋结构：双螺旋基础上的螺旋化 正超螺旋(positive supercoil):盘绕方向与双螺旋方同相同 负超螺旋(negative supercoil):盘绕方向与双螺旋方向相反 超螺旋结构(superhelix 或supercoil) DNA双螺旋链再盘绕即形成超螺旋结构。 正超螺旋(positive supercoil) 左手超螺旋，是B-DNA加剧螺旋形成的超螺旋，非自然选择，不利于基因表达。 负超螺旋(negative supercoil) 右手超螺旋，是B-DNA减弱螺旋形成的超螺旋，自然选择，利于基因表达。 意义 DNA超螺旋结构整体或局部的拓扑学变化及其调控对于DNA复制和RNA转录过程具有关键作用。 DNA双螺旋为右手螺旋。细胞中的环状DNA一般呈负超螺旋，即右手螺旋不足导致部分碱基不能形成配对，分子通过整体拓扑学上的右旋来补足右手螺旋的不足，在数学上呈1：1，即分子整体右旋一圈来补双螺旋上的一圈不足。 正超螺旋为双螺旋旋转过度，通过分子整体的左旋来解开过度的螺旋。 （二）White方程：L=T+W L（Linking nnmber）：链环数或称拓扑环绕数，指cccDNA中一条链绕另一条链的总次数。 其特点是：（1）L是整数；（2）在cccDNA中任何拓扑学状态中其值保持不变；（3）右手螺旋的L取正值。 W（Writhing number）：扭曲数，即超螺旋数。 其特点是：（1）可以是非整数；（2）是变量；（3）右手螺旋时，W取负值。 T（Twisting number）：缠绕数，即双螺旋的圈数。 其特点是：（1）可以是非整数；（2）是变量；（3）右手螺旋时T为正值。 超螺旋的量度可以用超螺旋密度λ来表示： λ=（L-T）/T 在天然DNA中，λ约为-0.05，大约20个双螺旋有1个超螺旋。 松驰环形 正超螺旋（左旋） 解链环形 负超螺旋（右旋） 天然存在的DNA多为负超螺旋（易解链，便于复制、转录） （三）DNA在真核生物细胞核内的组装 核小体(nucleosome)： 由DNA和组蛋白构成。 DNA：以负超螺旋缠绕在组蛋白上 组蛋白核心：H2B ,H2A ,H3