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人巨细胞病毒包膜糖蛋白BB细胞抗原表位预测 　　摘要目的： 通过生物信息学方法分析人巨细胞病毒包膜糖蛋白B（gB）的三级结构并预测其线性B细胞抗原表位. 方法： 根据人巨细胞病毒gB蛋白的胞外域序列，利用DNAStar软件分析其二级结构和表面特性，联合在线B细胞表位预测程序BcePred，通过其理化特性来综合预测该蛋白可能的线性B细胞抗原表位；利用SWISSMODEL服务器的同源建模方法构建gB蛋白的三级结构模型，对在生理三聚体条件下该蛋白各预测表位进行验证. 结果：成功预测出人巨细胞病毒gB蛋白的多个线性B细胞抗原表位区段，其中预测出的5个表位区段不属于任何已发现的抗原区域，为后续验证其优势中和表位，研制安全、高效的表位疫苗奠定了理论基础. 　　关键词生物信息学；人巨细胞病毒；包膜糖蛋白B； B细胞抗原表位 　　中图分类号R373 文献标识码A 文章编2013 　　人巨细胞病毒（human cytomegalovirus，HCMV），又称人疱疹病毒5型，属于β疱疹病毒亚科，是广泛感染人类的病毒之一.在免疫抑制的病人中，巨细胞病毒的原发或复发感染往往引起严重后果[1]；此外，孕妇也是该病毒的高危人群，胎儿的先天性感染常造成流产、畸形、听力障碍、发育迟缓等[2] . HCMV的包膜糖蛋白B（glycoprotein B， gB）在病毒感染及诱导机体产生免疫反应中都起到了重要作用.自然感染的人群中普遍存在抗gB的抗体；其中针对gB的中和抗体占HCMV全部中和抗体的绝大部分[34]；实验也证明，针对gB的中和抗体可以有效阻止病毒在细胞间的传播以及病毒与细胞的融合[5].在人巨细胞病毒的疫苗开发研究中，gB是首选的标靶，也一直是热点[67].在gB已证实的3个抗原区域（AD1，AD2，AD3）的基础上，2011年又发现了2个新的抗原区域（AD4，AD5）[8].鉴于该蛋白的重要功能以及HCMV严格的种属特异性，建立模式动物模型进行研究存在一定的困难，因此采用理论模拟预测gB蛋白B细胞的未知抗原表位意义重大.本文通过生物信息学方法来预测人巨细胞病毒gB蛋白的线性B 细胞抗原表位，希望可以发现新的潜在表位，为后续的实验研究提供一定参考. 　　1方法 　　1.1人巨细胞病毒gB蛋白的氨基酸序列 　　检索人巨细胞病毒AD169株UL55???因编码的gB蛋白的氨基酸序列（基因登录号为BK000394.5），选取其胞外域序列（前706位氨基酸，其中124位为信号肽序列）. 　　1.2人巨细胞病毒gB蛋白的二级结构预测 　　利用DNAStar软件的Protean模块，采用ChouFasman方法通过氨基酸残基的晶体结构来分析预测其二级结构[9]；采用GarnierRobson方法通过计算特定氨基酸残基在结构内部的可能性来分析预测其二级结构[10]. 　　1.3人巨细胞病毒gB蛋白的B细胞表位预测 　　利用DNAStar软件的Protean模块通过表位的理化性质进行预测：采用KyteDoolittle方法预测其亲水性[11]；采用Emini方法预测蛋白质的表面可能性[12]；采用KarplusSchulz方法预测其柔韧性[13]；采用JamesonWolf方法预测其抗原指数[14]. 综合考虑各项预测方法来推断预测gB蛋白的线性 B 细胞表位[15]. 　　1.4人巨细胞病毒gB蛋白的B细胞表位在线预测 　　利用B细胞表位在线预测程序（http：//www.imtech.res.in/raghava/bcepred/index.html）[16]，以亲水性、柔韧性、极性和暴露表面4种参数联合的方式对gB蛋白的线性B 细胞表位进行在线分析. 　　1.5人巨细胞病毒gB蛋白的三级结构预测 　　利用Swiss Pdb Viewer软件[17]，选择ProjectMode，以基于SWISSMODEL服务器的同源建模方法构建gB蛋白的三级结构及其三聚体模型.通过对其分子表面的分析对预测的表位进行验证. 　　2结果 　　2.1人巨细胞病毒gB蛋白的二级结构预测 　　采用ChouFasman方法预测发现，gB蛋白的二级结构以β叠片为主，同时存在大量α螺旋与β叠片的交叉分布，并且在各β叠片之间存在丰富的转角结构（图1）.采用GamierRobson方法预测gB蛋白的二级结构，同样发现其存在大量α螺旋和β折叠结构，且较ChouFasman方法预测的数量要多，同时在各β叠片单元之间存在长短不一的β转角和无规卷曲结构（图2）. 　　2.3人巨细胞病毒gB蛋白的 B细胞表位在线预测 　　利用B细胞表位在线预测程序BcePred，选取成功率最高的亲水性、柔韧性、极性和暴露表面4种参数联合方式，预