山羊论文：山羊LHX3基因遗传变异分析及Myf5基因CDS区的克隆.docVIP

山羊论文：山羊LHX3基因遗传变异分析及Myf5基因CDS区的克隆 【中文摘要】本研究利用DNA池测序、PCR-RFLP技术检测了四个山羊品种（关中奶山羊、西农萨能奶山羊、内蒙古白绒山羊和海南黑山羊）共计1073个个体LHX3基因的单核苷酸多态性,探讨了该基因多态位点的群体遗传结构,并将这些多态位点及其组合位点与山羊经济性状进行了关联分析,以期发现能显著影响山羊经济性状的分子标记位点,找到影响性状的优势基因型,为我国优良山羊品种的选育奠定基础。同时,本研究还通过RT-PCR的方法克隆得到山羊Myf5基因的编码区序列（CDS）,并分析和预测该基因的氨基酸序列及其蛋白质结构域。具体结果如下:1.山羊LHX3基因多态性检测及群体遗传学分析在山羊LHX3基因中共检测到4个多态位点:AY923832:g.7778 AT,g.8035 TC,g.10592 TC和g.11260 TC分别位于内含子2,外显子6和3’UTR区,其中g.10592 TC为同义突变。此外,在内蒙古白绒山羊和海南黑山羊两个群体中,没有检测到g.11260 TC突变。这4个位点分别可以通过DraI、HinfI、MspI和EcoRII-PCR-RFLP方法检测,故将这4个位点分别命名为P3-DraI、P3-HinfI、P6-MspI和P7-EcoRII。经卡方适合性检验,乳用品种（关中和西农萨能奶山羊）在P3-DraI和P7-EcoRII位点上,肉用品种（海南黑山羊）在P6-MspI位点上处于哈代温伯格不平衡状态,在其余位点上,四个品种均处于哈代温伯格平衡状态。卡方独立性检验发现,只有关中奶山羊和西农萨能奶山羊在P3-DraI位点上的基因型分布差异不显著,其余位点基因型频率品种间分布均差异显著。连锁不平衡分析表明,在所有群体中,P3-HinfI和P6-MspI为均处于强连锁状态（r20.33）,在西农萨能奶山羊群体中,P7-EcoRII与其它位点间的连锁极弱。2.山羊LHX3基因多态位点与经济性状的关联分析单一位点与性状之间的关联分析表明,P6-MspI位点不同基因型对海南黑山羊的体重和管围影响显著（P0.05）;P3-DraI和P3-HinfI位点的组合基因型对西农萨能奶山羊的早奶中乳蛋白含量和泌乳量有显著影响:TTTC型的乳蛋白含量显著高于TTCC型（P0.05）,AATT型的泌乳量显著高于ATTT型,TTTT,ATTC和AACC型（P0.05）;P3-DraI和P3-HinfI位点的组合基因型对海南黑山羊的体斜长有显著影响,组合基因型AACC显著高于ATTC型（P0.05）;同时,P6-MspI和P7-EcoRII位点组合基因型对关中奶山羊的乳蛋白含量有显著影响,TCGG型显著高于CCTT和TTTT型;对西农萨能奶山羊的泌乳量也有显著影响,CCTT型显著高于CCTG型。3.Myf5基因的克隆本试验通过RT-PCR方法克隆得到山羊Myf5基因的编码区,全长共计768bp,并将其连到pGM-T和pEGFP-C1载体上,为以后的功能研究提供材料。Myf5基因的CDS区序列与其他物种的Myf5基因CDS序列比对后发现,山羊与牛（NM174116.1）、人（NM005593.2）、黑猩猩（XM522481.2）和小鼠（NM008656.4）的同源性分别为99%、90%、90%和88%。蛋白质结构预测表明,山羊Myf5存在一处Myogenic Basic结构域,一处螺旋-环-螺旋（Helix-loop-helix）DNA结合域,还有一处Myf5结构域。 【英文摘要】In this study, the single nucleotide polymorphisms （SNPs） of LHX3 gene were detected in 1073 goats belong to four Chinese indigenous breeds （GZ, XS, INWC and HNBG） by DNA pools, sequencing and PCR-RFLP methods, and their genetic population structures were analyzed in the four breeds. To assess whether LHX3 gene could be efficient molecular markers for marker-assisted selection （MAS）, the associations between these SNPs or their combinations and economic traits were evaluated in dairy goat, which will provide