被子植物DNA去甲基化酶基因的进化分析（可编辑）.docVIP

被子植物DNA去甲基化酶基因的进化分析 Phylogenetic analysis of DNA demethylase genes in angiosperm Qiuxiang Liu, Qingzhong Xue, Jianhong Xu College of Agriculture and Biotechnology, Zhejiang University, Hangzhou 310058, China Abstract: The DNA methylation patterns and levels are depended on the function of DNA methyltransferase and DNA demethylase, and DNA demethylase plays a critical role in active DNA demethylation. In this paper, all homologous DNA demethylase gene copies were identified in monocots O. sativa and S. bicolor and dicotyledon A.thaliana and P. trichocarpa based on ten known DNA demethylase genes from rice and Arabidopsis. Two types of new DNA demethy- lase ?like genes DML4 and DML5 were identified. Tandem duplication, segmental duplication and whole genome duplica- tion exist in DNA demethylase gene family in plants, which result in neofunctionalization and subfunctionalization upon the phylogeny of conserved glycosylase domains and chromosomal locations of genes. Furthermore, the expression of DNA demethylase genes was investigated in different tissues. This study will facilitate our understanding of the relationship be- tween function and evolution of DNA demethylase, and utilizing the DNA demethylase genes in plantsKeywords: DNA demethylase; glycosylase domain; evolution; gene duplication and gene loss; gene expression收稿日期: 2013 ?11 ?21; 修回日期: 2014 ?01 ?09基金项目: 国 家重点 基础研 究发展计 划 973 计划 项目 编号: 2010CB126205, 国 家自然 科学基 金项目 编号 :和 人事厅 留学回国 基 金项目 编号 : 资助 作者简介: 刘秋 香 , 硕士研 究生, 专业 方向: 植物基因 组学。 E-mail: lqxabcxyz@163 通讯作者: 徐建 红 , 博士, 研究员 , 研 究方向 :基因组 学与分 子生物学 。E-mail: jhxu@//. DOI: 10.3724/SP.J.1005.2014.0276 网络出版时间: ////. URL: 2014-2-17 16:17:48 第 3 期 刘秋香等 : 被子 植物 DNA 去甲基化酶基 因的 进化分析 277 [22,23] DNA 甲基化是一种重要 的表观遗传 修饰, 参与 甲基化 。如水稻 Oryza sativa 中的 ROS1b [1, 2] [3] [4] 默 子沉 诸如转座 印迹 基因组 、 、 X 色体失活 染 等 DNG701 基 因的表达能够调节逆转录转座子Tos17 [24] 生物学过程 。DNA 甲基化能够调节 植物的早期 发育 的 甲基化 水平 , 进 而改变其 转座活 性 。 DML2 和 [5] [6] 、 基因座 专 一性基因 表 达 。 在高 等 植物中, 有 CG 、 DML3