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BLAST和PDB的使用 XXX 生物技术试验班 Blast简介 BLAST 是基于序列相似性的数据库搜索程序。 BLAST是“局部相似性基本查询工具”(Basic Local Alignment Search Tool)的缩写。 Blast程序评价序列相似性的两个数据 Score：使用打分矩阵对匹配的片段进行打分求和的结果，一般来说，匹配片段越长、 相似性越高则Score值越大。 E value: 氨基酸残基（或碱基）随机排列得到上述Score值的概率的大小。E值越小表示越匹配。 E=0表示完全配对，不存在随机配对。 主要的blast程序 BLAST检索中采用的数据库类别 蛋白数据库： nr: 无冗余数据库，汇集了GenBank中所 有的蛋白序列+PDB+Swissprot+PIR等汇集； 核酸数据库： nr/nt: 无冗余数据库，汇集了GenBank+ DDBJ+EMBL中所有的核甘酸序（不包括EST) BLAST的操作流程 1.登陆blast主页 / 2.根据数据类型，选择合适的程序 3.填写表单信息 4.提交任务 5.查看和分析结果 P03958蛋白质序列获得的两种方法 3D结构相关网页来源 /Structure/cdd/cddsrv.cgi?uid=30063 /pdb/explore/jmol.do?structureId=2ADA 从PDB中查找该序列 搜索栏 进入Sequence Search 导入P03958蛋白序列 接受默认设置搜索 搜索到47条结果 精化搜索结果 线性比对结果 得分最高序列 序列相关介绍 连接进入 查看详细信息 查看该序列的3D结构 在PDB网站中运行 J2SE Runtime Environmrnt 5.0 软件查看分子3D结构 可进行相关设置 BLAST中软件Cn3D-4.1分析ADA蛋白序列 PDB中J2SE 5.0分析ADA蛋白序列 * * 厚德 笃学 求是 创新 * 厚德 笃学 求是 创新 * 腺苷deaminas腺苷deaminase(ADA)是一种monomeric锌依赖水解酶催化的不可逆两种腺苷脱氨作用,以及desoxyadenosine、氨和肌或desoxyinosine,分别。 艾达起着很重要的作用,嘌呤的路子。过低,以及高水平的ADA活动已经被证实对几种疾病。 核酸序列翻译成蛋白质序列，再和 核酸数据库中的核酸序列翻译成的 蛋白质序列逐一进行比对 核酸 核酸 TBlastx 蛋白质序列和核酸数据库中的核序 列翻译后的蛋白质序列逐一比对 核酸 蛋白质 Tblastn 核酸序列翻译成蛋白质序列后和蛋 白质数据库中的序列逐一搜索 蛋白质 核酸 Blastx 蛋白质序列搜索逐一蛋白质数据库 中的序列 蛋白质 蛋白质 Blastp 核酸序列搜索逐一核酸数据库中的 序列 核酸 核酸 Blastn 搜索方法 数据库 查询序列 程序名 核苷酸-核苷酸序列比对 蛋白质-蛋白质序列比对 核酸序列翻译成蛋白质序列-蛋白质数据库中的序列比对 蛋白质序列-核酸数据库翻译后的蛋白质序列比对 核酸翻译成蛋白质序列-核酸数据库中的核酸译成的蛋白质序列比对 导航栏 下面以P03958序列介绍BLAST的使用 1、在NCBI的主页中键入P03958查处该蛋 白的序列，然后在BLAST中填写信息。 2、在BLAST中查找中直接键入序列 P03958的序列号。 NCBI中有关P03958 蛋白序列的介绍 获取该蛋白序列 在BLAST网页选择蛋 白质-蛋白质序列比对 导入P03958蛋白 的全序列 在这里选择搜索 的数据库 接受其他参数默认 设置点击开始搜索 序列范围 （默认全部） 直接在此键入 P03958蛋白序列号 其余 不变 图形示意结果 检索出的四条保守序列相同的结果 带有genbank的链接，点击 可以进入相应的genbank序列 目标序列描述部分 匹配情况，分值，e值 选择其中一条得分genbank 比对的详细信息 得分 E值 比较方式 （矩阵） 空位为0 残基完全相同 相似性100% 序列的 排列情况 此处可连接至序列结构 此处连接该蛋 白分子结构 得分最高序列 NP_031424 键入NCBI基因库结果 Adenosine deaminase (ADA) is a monomeric zinc dependent enzyme which catalyzes the irreversible hydrolytic deamination of both adenosine, as well as desoxyadenosine, to ammonia and inosin