化学生物学2 作业.docVIP

1. 以锌为例，说明金属离子在金属酶中所起的两种以上作用。锌离子作为催化中心以人的碳酸酐酶B为例。人碳酸酐酶B负责催化CO2的可逆水合，含有一个Zn2+，由His93、His95、His117侧链咪唑环的N配位结合。Zn2+的第四个配位位点催化位点，通常由水分子或含羧基离子结合，在发挥催化功能时，配位的水发生电离，带负电的氧进攻CO2的C，进而发生后续的反应。需要说明的是利用X射线分析脱锌碳酸酐酶，发现其结构与正常碳酸酐酶相同，但完全丧失了催化活性，说明锌离子只有催化中心的功能。锌离子对蛋白结构的稳定作用以非洲爪蟾的TFⅢA蛋白为例。该蛋白是一个转录因子，调控非洲爪蟾的5S RNA转录。该蛋白靠近N端处有9个连续的具有一定保守性的序列，每个序列都能通过其中的两个Cys和两个His结合Zn2+。天然的TFⅢA蛋白能够特异地识别并结合一段45bp的DNA序列，并保护其不受核酸酶降解，如果使用螯合剂去除其中的Zn2+，则这种特异地结合将会消失，外加Zn2+可以恢复特异性。CD谱也证明没有Zn2+存在时蛋白缺乏完整性，加入Zn2+后CD谱的变化说明蛋白结构得以重建。锌离子对酶活性的调节作用以亮氨酸氨基肽酶为例。亮氨酸氨基肽酶从N端开始水解肽链，当N端为亮氨酸时具有最大的活性。在亮氨酸氨基肽酶中有两个锌离子，向正常的酶中加入过量Mg2+和Mn2+，可以提高酶活，而向脱锌氨基肽酶中加入Mg2+和Mn2+则不能恢复酶活。这说明两个锌离子有不同功能：对活性有无其决定作用的锌离子不易被交换；而对活性起调节作用的锌离子容易与其他离子交换，改变酶活。有研究证明两个锌离子在底物结合及催化过程中有不同功能。2. 顺铂的吸收过称和抗癌机理以二氯二氨合铂为例。顺铂通过静脉注射进入人体，在血浆中以两种形式存在：一类是其本身和水解产物；另一类是与蛋白质结合的形式。在水溶液中，顺铂中的氯离子可以和水分子进行交换，这一过程由溶液的pH和氯离子浓度决定。包括血浆在内的细胞外液中氯离子浓度高，大部分顺铂为原始形态。不带电的顺铂原形和部分水解物具有合适的油水分配系数，能够容易的穿透细胞膜，或者通过与蛋白结合进入细胞。进入细胞的顺铂在低氯离子浓度下水解，产物主要为[PtCl(OH)(NH3)2]、[Pt(OH)2(NH3)2] 、[Pt (OH)(H2O)(NH3)2]+。顺铂的主要靶分子是DNA。液相的顺铂与DNA反应会形成很多加合物，最主要的形式是和鸟苷及腺苷的加合。鸟苷是顺铂的首选结合分子，X射线晶体分析证明配位原子是鸟苷的N7，进入细胞的顺铂的一个配体首先被鸟苷的N7取代。腺苷由于结构与鸟苷类似，配位原子也是N7。而利用寡聚核苷酸与顺铂作用发现，顺铂倾向于与同一条核苷酸单链上相邻的两个鸟苷结合，配位原子都是N7，顺铂两个氨配体上的氢则和鸟苷的O6及单链5’端的磷脂基团形成氢键，这种链内加合会导致DNA的扭曲。另有研究发现，在pH中性溶液中，鸟苷的N1由于受配位顺铂的影响可能脱去质子然后与另一顺铂配位，形成链内的N1、N7交联，阻碍GC间的氢键。3. 以血红蛋白、Cyto C和过氧化氢酶为例说明辅基在不同蛋白中的功能。血红蛋白血红蛋白中的血红素的作用是可逆地结合氧分子。由于游离的血红素容易被水和氧氧化为高铁血红素，失去载氧能力，因此血红素被放置在血红蛋白的一个疏水区以防止铁的氧化。血红蛋白中的铁离子在未结合氧分子时处于高自旋态，在结合氧分子后变成低自旋态拥有较小的半径，能更深地嵌入卟啉环平面，拉动与之相连的His，引发蛋白质亚基的变构，最后促进其他卟啉环与氧分子的结合。细胞色素C细胞色素C的功能是传递电子，其中的辅基是血红素C，与血红蛋白相比，其化学环境有以下不同。第一，细胞色素C中的铁离子不要直接接触电子传递链上的其他物种，因此在细胞色素中，铁处于六配位，配位原子之一是S，由于S更倾向与二价铁离子结合，可能对蛋白氧化还原电位有影响。第二，由于不需要改变蛋白结构来调节活性，细胞色素C中的血红素也通过两个乙烯基与蛋白中的Cys共价结合。第三，血红素是一个两亲分子，卟啉环自身是疏水的，而其上的侧链却有亲水的。在血红蛋白中，血红素的卟啉环埋在蛋白的疏水内核中，而亲水侧链暴露在外，而在细胞色素C中却是两个丙氨酸侧链埋在疏水内核，卟啉环暴露在外，这种构造有利于电子通过卟啉环的共轭体系传递，同时也防止丙氨酸电离造成整个蛋白氧化还原电位的改变。过氧化氢酶过氧化氢酶催化H2O2的歧化，其辅基也是血红素C，但其中的铁离子为三价，五配位。围绕血红素辅基有一个氨基酸残基围成的通道，通道开口为亲水残基，而在深处辅基周围为疏水残基。过氧化氢酶的催化机理尚未完全确定，在目前的机理中，辅基周围的His74、Asn147以及和铁离子配位的Tyr375。His74及Asn147对过氧化氢直接接近辅基