拟南芥抗性基因RPS2的分析.docVIP

拟南芥抗性基因RPS2的分析 RPS2基因位于拟南芥4号染色体上，编码的RPS2蛋白是一种抗性蛋白，能够识别Pseudomonas syringae pv. Tomato的效应因子avrRpt2，从而激发拟南芥的ETI。RPS2基因的cDNA全长3535bp，GC含量为43.5%，分子量为1095.29604kDa。 开放读码框的识别 在NCBI的ORF Finder分析工具（ HYPERLINK /gorf/gorf.html /gorf/gorf.html）中进行预测，结果如图1-1。100bp以上的ORF有18个，正向的4个，反向的14个。最优结果为从第259bp到第2988bp之间的ORF，长度为2730。 图1-1，开放阅读框的预测。如图所示，绿色区域为ORF,上面三条为正向阅读，下面三条为反向阅读。 启动子预测 用Promoter Prediction工具（/seq_tools/promoter.html）对RPS2的cDNA进行启动子预测，结果如果2-1。得分最高的启动子为302bp和351bp之间的序列 tgtgtgaatctatgaatatggcggagagaagaggacataagactgatctt。 图2-1，RPS2基因启动子预测，如图所示，有三个预测结果得分在0.8以上，最高得分为0.93. CpG岛的预测 用在线软件CpGPlot（ HYPERLINK http://www.ebi.ac.uk/emboss/cpgplot/index.html http://www.ebi.ac.uk/emboss/cpgplot/index.html）进行预测，结果如图3-1。.起始位点为第358bp，终止与615bp，长度为258bp。 图3-1.RPS2基因CpG岛预测 碱基同源性分析 运用NCBI信息库的BLAST程序对RPS2的cDNA进行碱基同源性分析，网址为 HYPERLINK http://smart.embl-heidelberg.de/ http://smart.embl-heidelberg.de/。分析结果如下图4-1.RPS2基因在拟南芥不同生态型里的同源性很高。 图4-1.RPS2基因同源性分析 二级结构和功能分析 对RPS2最大的 ORF（259-2988）翻译的蛋白的一些二级结果和功能域进行分析，包括信号肽预测、疏水性分析、磷酸化位点分析、跨膜区分析、亚细胞定位和二级结构预测。 信号肽预测 利用丹麦科技大学（DTU）的CBS服务器蛋白质序列的信号肽（signal peptide）预测，进入Prediction Serves 页面。网址如下： HYPERLINK http://www.cbs.dtu.dk/services/SignalP/ http://www.cbs.dtu.dk/services/SignalP/，参数选择：Eukaryotes；Both；GIF (inline)；Standard；结果看图5-1，没有发现信号肽。 图5-1，RPS2蛋白信号肽预测。没有发现信号肽。 疏水性分析 利用瑞士生物信息学研究所（Swiss Institute of Bioinformatics， SIB）的ExPASy服务器上的ProtScale程序对ORF 翻译后的氨基酸序列做疏水性分析，网址如下： HYPERLINK /cgi-bin/protscale.pl /cgi-bin/protscale.pl 参数选择：Hphob. / Kyte Doolittle 结果如图6-1，横坐标是氨基酸的排列，纵坐标的正半轴是疏水性，负半轴是亲水性的程度。蛋白总体表现亲水性。 图6-1，RPS2蛋白疏水性预测。蛋白总体表现亲水性。 磷酸化位点分析 磷酸化和去磷酸化是细胞内信号传导的重要方式，利用丹麦科技大学（DTU）的CBS服务器上的NetPhos2.0 Server程序做磷酸化位点分析。NetPhos2.0 Server程序是基于神经网络算法，对蛋白序列中的Ser、Thr和Tys三种氨基酸残基可能成为的磷酸化位点作出预测， 网址如下： HYPERLINK http://www.cbs.dtu.dk/services/NetPhos/ http://www.cbs.dtu.dk/services/NetPhos/。 结果如图7-1，,22个Ser残基、8个Thr残基和4个Tyr残基可能成为磷酸化位点。这些潜在的磷酸化位点残基所在的位置见图7-3，7-4和7-5. 图7-1，潜在的磷酸化位点预测，22个Ser、8个Thr和4个Tyr 图7-2潜在的磷酸化位点分布位置 图7-3，丝氨酸残基磷酸化位点具体分布 图7-4，苏氨酸残基磷酸化位点具体分布 图7-5，T