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 序列分析软件DNAMAN的使用方法简介 DNAman是美国LynnonBiosoft公司开发的高度集成化的分子生物学应用软件，几乎可完成所有日常核酸和蛋白质序列分析工作，包换多重序列对齐、PCR引物设计、限制性酶切分析、蛋白质分析、质粒绘图等。作为常用的核酸序列分析软件，由于它功能强大，使用方便，已成为一种普遍使用的DNA序列分析工具，下面以DNAMAN 5.2.9 Demo version为例，简单介绍其使用方法。  使用DNAMAN分析序列  1．将待分析序列装入Channel （１）通过File Open命令打开待分析序列文件，则打开的序列自动装入默认Channel。（初始为channel1）可以通过激活不同的channel (例如：channel5)来改变序列装入的Channel。 （２）通过Sequence/Load Sequence菜单的子菜单打开文件或将选定的部分序列装入Channel。通过Sequence/Current Sequence/Analysis Defination命令打开一个对话框，通过此对话框可以设定序列的性质（DNA 或蛋白质），名称，要分析的片段等参数。 根据不同的需要，可以选择显示不同的序列转换形式。对话框选项说明如下： Sequence Composition 显示序列和成分 Reverse Complement Sequence 显示待分析序列的反向互补序列 Reverse Sequence 显示待分析序列的反向序列 Complement Sequence 显示待分析序列的互补序列 Double Stranded Sequence 显示待分析序列的双链序列 RNASequence 显示待分析序列的对应RNA序列 3、DNA序列的限制性酶切位点分析 将待分析的序列装入Channel，点击要分析的Channel，然后通过Restriction/Analysis命令打开对话框，如下所示： Results 分析结果显示 其中包括： Show summary（显示概要） Show sites on sequence（在结果中显示酶切位点） Draw restriction map（显示限制性酶切图）Draw restriction pattern（显示限制性酶切模式图） Ignore enzymes with more than（忽略大于某设定值的酶切位点） Ignore enzymes with less than（忽略小于某设定值的酶切位点） Target DNA （目标DNA特性） circular（环型DNA），dam/dcm methylation（dam/dcm甲基化） all DNA in Sequence Channel（选择此项，在Sequence Channel 中的所有序列将被分析，如果选择了Draw restriction pattern，那么当所有的channel中共有两条DNA时，则只能选择两个酶分析，如果共有三个以上DNA时，则只能用一个酶分析。 选择所需的项目，然后按提示操作点击按扭，出现下列对话框： 4、DNA序列比对分析（Dot Matrix Comparision） 点击对比界面左上角的ｏｐｉｎｉｏｎ按钮，出现下列对话框： Sequence 2 参加比对的第二序列选择框；选项说明同上 Show Sequence 选择此项，当同源性大于设定值时，将显示同源性；（此功能未见） Annotations 是否显示注释 Comparision 比对参数，其中Window代表Window size（单位比对长度），Mismatch代表Mismatch size（单位比对长度中许可的错配值）要快速比对，需将此项设为0。Both stran代表Both strand（双链比对）选择此项，是指用Sequence 2中的序列的正链和负链分别和Sequence 1 比较。Sequence 2 正链与Sequence 1 比较结果用黑色点表示，Sequence 2 负链比对结果用红色点表示。 Plot box 点阵图表显示参数，Position（起点坐标）Width（宽度值）Height（高度值）Frame size（边框线粗度值）Dot size（点粗度值）Gridline（虚线框数）。 参数设定好后，点击ＯＫ按钮执行操作。 5、序列同源性分析 参数说明如下： Alignment method 比对方法，通常可选Quick(快速比对)或SmithWaterman(最佳比对)，当选择快速比对时，设置较小的k-tuple值，可以提高精确度，当序列较长时，一般要设置较